PDB-2b5k: PV5 NMR solution structure in DPC micelles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b5k

タイトル

PV5 NMR solution structure in DPC micelles

要素

Polyphemusin-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / PV5 / POLYPHEMUSIN VARIANT / BETA HAIRPIN / DISULFIDE BRIDGE / ANTIMICROBIAL PEPTIDE

機能・相同性

defense response to bacterium / extracellular region / Polyphemusin-1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Powers, J.P.S. / Tan, A. / Ramamoorthy, A. / Hancock, R.E.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution structure and interaction of the antimicrobial polyphemusins with lipid membranes
著者: Powers, J.P.S. / Tan, A. / Ramamoorthy, A. / Hancock, R.E.W.

履歴

登録	2005年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b5k.cif.gz	118.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b5k.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/2b5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/2b5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x7kC 1rkk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mu9-d 6gq5-d 2rmw-d 304d-d 2a1c-d 2muf-d 5vr5-d 1s1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyphemusin-1

2.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	17 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Polyphemusin-1 / PV5 / Polyphemusin I 分子量: 2621.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized using tboc solid state synthesis. Sequence occurs naturally in Limulus polyphemus, Atlantic horseshoe crab 参照: UniProt: P14215
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

-
試料調製

詳細	内容: 2 MM PV5, 300 MM DPC / 溶媒系: H2O:D2O (9:1)
試料状態	イオン強度: NO SALT / pH: 3.95 / 圧: AMBIENT / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XPLOR-NIH	2.9.0	SCHWIETERS,KUSZEWSKI,TJ	精密化
NMRView	5.0.3		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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