PDB-1rkk: POLYPHEMUSIN I NMR SOLUTION STRUCTURE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rkk

タイトル

POLYPHEMUSIN I NMR SOLUTION STRUCTURE

要素

POLYPHEMUSIN I

キーワード

ANTIMICROBIAL PEPTIDE / POLYPHEMUSIN / BETA HAIRPIN / DISULFIDE BRIDGE / ANTI-MICROBIAL PEPTIDE

機能・相同性

defense response to bacterium / extracellular region / Polyphemusin-1

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Powers, J.P.S. / Rozek, A. / Hancock, R.E.W.

引用

ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2004
タイトル: Structure-activity relationships for the beta-hairpin cationic antimicrobial peptide polyphemusin I.
著者: Powers, J.P.S. / Rozek, A. / Hancock, R.E.W.

履歴

登録	2003年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE At the time of processing, no reference sequence was present in the sequence database for ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rkk.cif.gz	105.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rkk.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rkk_validation.pdf.gz	341.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rkk_full_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示
XML形式データ	1rkk_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	1rkk_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nc8-d 2lne-d 1ce4-d 1v1d-d 2meo-d 4e86-2 1mm0-d 4e83-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: POLYPHEMUSIN I

2.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	17 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	POLYPHEMUSIN I 分子量: 2464.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED USING FMOC SOLID STATE SYNTHESIS. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN TACHYPLEUS POLYPHEMUS (AMERICAN HORESHOE CRAB). 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM POLYPHEMUSIN I / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: no salt / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XPLOR-NIH	2.9.0	Schwieters,Kuszewski,Tjandra,Clore	精密化
NMRView	5.0.3	Johnson,Blevins	データ解析

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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