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万見
- PDB-2b5i: cytokine receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5i
タイトルcytokine receptor complex
要素
  • (Interleukin-2 receptor ...) x 2
  • Cytokine receptor common gamma chain
  • Interleukin-2
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / four-helix bundle / Fibronectin domain / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / leukocyte activation involved in immune response / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / kinase activator activity / natural killer cell activation / Interleukin-2 signaling / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / cytokine binding / positive regulation of activated T cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of T cell proliferation / Notch signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / Interleukin-7 signaling / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / carbohydrate binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / gene expression / adaptive immune response / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome / cell adhesion / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-2 receptor alpha / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site ...Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-2 receptor alpha / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Four-helical cytokine-like, core / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / Single Sheet / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit alpha / Interleukin-2 receptor subunit beta / Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, X. / Rickert, M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structure of the quaternary complex of interleukin-2 with its alpha, beta, and gammac receptors.
著者: Wang, X. / Rickert, M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2005年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
B: Interleukin-2 receptor beta chain
C: Cytokine receptor common gamma chain
D: Interleukin-2 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9748
ポリマ－88,6834
非ポリマー1,2914
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.913, 87.709, 130.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF / Aldesleukin


分子量: 15435.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60568
#3: タンパク質 Cytokine receptor common gamma chain / Gamma-C / Interleukin-2 receptor gamma chain / IL-2R gamma chain / P64 / CD132 antigen


分子量: 23912.684 Da / 分子数: 1 / Mutation: N53Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P31785

-
Interleukin-2 receptor ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Interleukin-2 receptor beta chain / IL-2 receptor / P70-75 / High affinity IL-2 receptor beta subunit / CD122 antigen


分子量: 24761.123 Da / 分子数: 1 / Mutation: N3Q,N17Q,N45Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14784
#4: タンパク質 Interleukin-2 receptor alpha chain / IL-2 receptor alpha subunit / IL-2-RA / IL2-RA / p55 / TAC antigen / CD25 antigen


分子量: 24573.492 Da / 分子数: 1 / Mutation: N68Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01589

-
糖 , 2種, 4分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 171分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 29% Pentaerythritol Ethoxylate 15/4; 50 mM Ammonium Sulfate; 50 mM Bis Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月21日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 58395 / Num. obs: 57577 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 13.914 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26883 2560 5 %RANDOM
Rwork0.22303 ---
all0.22535 48601 --
obs0.22535 48305 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.657 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å20 Å2-1.29 Å2
2--3.33 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5208 0 84 171 5463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0215454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9417418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.645620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80123.858267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.96115928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1121536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23567
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5171.53260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87925144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34132548
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1374.52274
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 176 -
Rwork0.32 3483 -
obs--97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4618-0.12510.43367.39681.84285.63420.0801-0.1984-0.11980.24210.0656-0.72880.11170.4081-0.1457-0.2408-0.18570.011-0.12850.0108-0.23078.2051-24.283328.5622
27.61874.89762.08585.25271.72052.43970.1364-0.74520.65940.3179-0.36750.2807-0.0523-0.19690.2311-0.1917-0.07130.031-0.1575-0.0914-0.1777-7.4153-15.092148.0441
33.07730.5879-2.31430.7145-0.84134.277-0.09620.2125-0.4018-0.2901-0.01720.03320.5479-0.31030.1135-0.0746-0.1664-0.0361-0.25660.0148-0.2441-16.5754-40.633720.7271
45.073-5.05845.95345.8501-6.18757.3265-0.06620.58120.2585-0.14190.1583-0.19380.10790.1931-0.09210.0793-0.06750.03010.2254-0.15520.503633.8088-36.935436.7921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1336 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2CC34 - 2241 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3BB6 - 2076 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1651 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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