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万見
- PDB-2b5e: Crystal Structure of Yeast Protein Disulfide Isomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5e
タイトルCrystal Structure of Yeast Protein Disulfide Isomerase
要素Protein disulfide-isomerase
キーワードISOMERASE / Protein Disulfide Isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase complex / Calnexin/calreticulin cycle / protein disulfide-isomerase / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / unfolded protein binding / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein disulfide-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schindelin, H. / Tian, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of yeast protein disulfide isomerase suggests cooperativity between its active sites.
著者: Tian, G. / Xiang, S. / Noiva, R. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
履歴
登録2005年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7434
ポリマ－56,4221
非ポリマー3223
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.560, 136.560, 69.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide-isomerase / PDI / Thioredoxin-related glycoprotein 1


分子量: 56421.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PDI1, MFP1, TRG1 / プラスミド: pTYB12 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17967, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate, magnesium chloride, PEG 2000 MME, barium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月25日
放射モノクロメーター: 1.1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24847

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 17.464 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1246 4.9 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.193 ---
obs-23557 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 13 138 3971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6241.965321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88338008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2195482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72926.111198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.0815656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.371157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.23405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22302
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.53079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1451.5969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09323896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75831783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.74.51425
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 89 -
Rwork0.273 1623 -
all-1765 -
obs--96.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.8844-2.08331.0115.9632-0.65682.754-0.4718-1.3245-0.82770.89530.36060.37880.08270.13850.1112-0.1320.12620.2122-0.01670.2893-0.2907-15.4561-23.4264-17.8324
28.90682.58331.99475.0053.70886.3504-0.01890.7753-0.7368-0.16260.0198-0.4645-0.00350.2078-0.0008-0.4190.018-0.0133-0.27820.0291-0.29748.5068-26.6276-37.9761
316.86756.55025.72217.89913.56074.7174-0.05710.00530.0834-0.12650.06540.50120.1476-0.096-0.0083-0.34320.002-0.0005-0.2007-0.0344-0.317-13.9766-39.2351-52.2311
46.4916-0.80612.893312.09710.31486.9523-0.14480.2168-0.1727-0.17480.0102-1.0983-0.9284-0.27370.13460.0630.0751-0.1721-0.1283-0.27440.1547-41.5684-16.9173-63.2922
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1122 - 1394 - 121
22140 - 242122 - 224
33243 - 365225 - 347
44366 - 504348 - 486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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