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- PDB-2b4e: Crystal Structure of Murine Coronin-1: monoclinic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4e
タイトルCrystal Structure of Murine Coronin-1: monoclinic form
要素Coronin-1A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WD40 repeat / 7-bladed beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vesicle fusion / uropod organization / negative regulation of actin nucleation / thymocyte migration / phagolysosome assembly / natural killer cell degranulation / early endosome to recycling endosome transport / epithelial cell migration / T cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization ...negative regulation of vesicle fusion / uropod organization / negative regulation of actin nucleation / thymocyte migration / phagolysosome assembly / natural killer cell degranulation / early endosome to recycling endosome transport / epithelial cell migration / T cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / stereocilium tip / vesicle fusion / nerve growth factor signaling pathway / regulation of actin filament polymerization / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / leukocyte chemotaxis / cortical actin cytoskeleton / positive chemotaxis / cell-substrate adhesion / cell leading edge / myosin heavy chain binding / T cell homeostasis / phagocytic cup / immunological synapse / actin monomer binding / positive regulation of T cell migration / cellular response to interleukin-4 / phosphatidylinositol 3-kinase binding / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / cytoskeletal protein binding / T cell activation / response to cytokine / establishment of localization in cell / actin filament / actin filament organization / phagocytic vesicle membrane / calcium ion transport / cell-cell junction / actin filament binding / actin cytoskeleton / cell migration / positive regulation of T cell activation / lamellipodium / regulation of cell shape / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / axon / glutamatergic synapse / synapse / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trimerisation motif / Trimerisation motif / DUF1900 / Type of WD40 repeat / Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / DUF1899 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller ...Trimerisation motif / Trimerisation motif / DUF1900 / Type of WD40 repeat / Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / DUF1899 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Wu, P. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of murine coronin-1: a regulator of actin cytoskeletal dynamics in lymphocytes
著者: Appleton, B.A. / Wu, P. / Wiesmann, C.
履歴
登録2005年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coronin-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3611
ポリマ－44,3611
非ポリマー00
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.358, 80.284, 52.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coronin-1A / Coronin-like protein p57 / Coronin-like protein A / CLIPINA / Tryptophan aspartate-containing coat ...Coronin-like protein p57 / Coronin-like protein A / CLIPINA / Tryptophan aspartate-containing coat protein / TACO


分子量: 44360.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: coro1, coro1a
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O89053
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris PH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 16388 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AQ5

2aq5


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.527 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22867 835 5.1 %RANDOM
Rwork0.15532 ---
obs0.15905 15553 92.21 %-
all-15556 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å20 Å21.12 Å2
2---1.88 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2984 0 0 278 3262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223059
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9664163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1045385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04823.516128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9315500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.011521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6791.51970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11123120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.71631234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7174.51043
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 52 -
Rwork0.184 1062 -
obs--86.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.5412 Å / Origin y: 0.6339 Å / Origin z: 9.3549 Å
111213212223313233
T-0.1295 Å20.0343 Å2-0.0066 Å2--0.0901 Å20.0104 Å2---0.11 Å2
L1.2058 °20.1953 °2-0.2033 °2-2.1656 °2-0.4152 °2--1.2737 °2
S-0.0314 Å °-0.0611 Å °0.0016 Å °0.055 Å °0.0842 Å °0.1467 Å °-0.0771 Å °-0.0486 Å °-0.0528 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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