PDB-2b4a: Crystal structure of a response regulator receiver domain protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b4a

タイトル

Crystal structure of a response regulator receiver domain protein (bh3024) from bacillus halodurans c-125 at 2.42 A resolution

要素

BH3024

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Flavodoxin-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of BH3024 protein (10175646) from BACILLUS HALODURANS at 2.42 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b4a.cif.gz	37.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b4a.ent.gz	24.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b4a_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b4a_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	2b4a_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	2b4a_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/2b4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/2b4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kgsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i3i-d 4i38-d 1t1a-d 3i42-d 4bbv-d 4bbu-d 5wq0-5 2qzj-5 3kto-3 6p5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358875

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BH3024

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.003, 39.003, 172.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	BH3024 分子量: 15618.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / 遺伝子: 10175646 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K8I2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.2 詳細: 0.2M NaCl, 10.0% PEG-8000, 0.1M Na, K-Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月15日 / 詳細: flat mirror

放射

モノクロメーター: Single Crystal Si(333) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.36→28.94 Å / Num. obs: 5994 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
2.36-2.42	84.8	3.8	0.71	1.1	369	0.71
2.42-2.49	91.1	7.9	0.606	1.3	373	0.606
2.49-2.56	98.3	8.7	0.514	1.5	412	0.514
2.56-2.64	100	10.6	0.442	1.7	400	0.442
2.64-2.73	100	12.7	0.384	2	387	0.384
2.73-2.82	100	12.6	0.301	2.5	380	0.301
2.82-2.93	100	12.9	0.253	2.9	364	0.253
2.93-3.05	100	12.6	0.2	3.7	355	0.2
3.05-3.18	100	12.6	0.134	5.2	335	0.134
3.18-3.34	100	12.5	0.121	5.7	333	0.121
3.34-3.52	100	12.2	0.103	6.2	320	0.103
3.52-3.73	100	12.2	0.092	6.4	294	0.092
3.73-3.99	100	11.8	0.093	5.3	291	0.093
3.99-4.31	100	12.1	0.068	8.5	269	0.068
4.31-4.72	99.9	11.8	0.053	11	244	0.053
4.72-5.28	99.8	11.5	0.049	11.8	224	0.049
5.28-6.09	99.9	10.9	0.051	11.8	215	0.051
6.09-7.46	100	9.3	0.055	10.6	185	0.055
7.46-10.55	99.5	9.8	0.044	12.4	151	0.044
10.55-28.94	89.7	7.8	0.038	13.5	93	0.038

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0013	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1kgs

1kgs

解像度: 2.42→28.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 16.654 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. HIS 87 AND GLU 88 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	257	4.6 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.185	-	-	-
obs	-	5309	98.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→28.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	889	0	8	25	922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	912
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.732	1.966	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.995	3	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.017	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.418	25	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.545	15	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.805	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.116	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.247	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.372	3	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.443	3	228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.815	5	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.309	8	347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.326	11	297

LS精密化シェル

解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.494	19	-
R_work	0.289	326	-
obs	-	-	89.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.6778 Å / Origin y: 16.2032 Å / Origin z: 73.4553 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0405 Å²	0.002 Å²	-0.0099 Å²	-	0.1811 Å²	-0.1066 Å²	-	-	0.0432 Å²
L	6.7271 °²	-1.3427 °²	-3.4635 °²	-	2.1846 °²	2.6625 °²	-	-	7.2576 °²
S	0.2299 Å °	0.2097 Å °	0.0733 Å °	0.0225 Å °	0.0664 Å °	-0.0196 Å °	-0.2541 Å °	0.0259 Å °	-0.2963 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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