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万見
- PDB-2b3a: Solution structure of the Ras-binding domain of the Ral Guanosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b3a
タイトルSolution structure of the Ras-binding domain of the Ral Guanosine Dissociation Stimulator
要素Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ras binding domain / ubiquitin fold / signal transduction / automatically solved / AUREMOL
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase regulator activity / brush border / p38MAPK events / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal ...Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing first in torsion angle space, simulated annealing in cartesian space. Final refinement in explicit solvent (H2O).
データ登録者Gronwald, W. / Maurer, T. / Fuechsl, R. / Wohlgemuth, S. / Herrmann, C. / Kalbitzer, H.R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: New insights into binding of the possible cancer target RalGDS
著者: Gronwald, W. / Maurer, T. / Fuechsl, R. / Wohlgemuth, S. / Herrmann, C. / Kalbitzer, H.R.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of the Ras-binding domain of RalGEF and implications for Ras binding and signalling.
著者: Geyer, M. / Herrmann, C. / Wohlgemuth, S. / Wittinghofer, A. / Kalbitzer, H.R.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structure of the Ras-interacting domain of RalGDS.
著者: Huang, L. / Weng, X. / Hofer, F. / Martin, G.S. / Kim, S.H.
履歴
登録2005年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0521
ポリマ－10,0521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / RalGEF / RalGDS


分子量: 10052.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALGDS, RGF / プラスミド: pGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12967

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
NMR実験の詳細Text: sequential assignment bassed on triple resonance spectra, 2D 1H TOCSY, 3D 15N edited TOCSY, 3D 13C edited TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM potassium buffer at ph 7.0, 2 mM dithioerythritol (DTE), 0.5 mM EDTA, 0.5 mM NaN3, 0.1 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane sulfonic acid (DSS) 1.0 mM RalGDS-RBD non labeled95% H2O/5% D2O (v/v)
220 mM potassium buffer at ph 7.0, 2 mM dithioerythritol (DTE), 0.5 mM EDTA, 0.5 mM NaN3, 0.1 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane sulfonic acid (DSS) 2.9 mM RalGDS-RBD 15N/13C labeled95% H2O/5% D2O (v/v)
320 mM potassium buffer at ph 7.0, 2 mM dithioerythritol (DTE), 0.5 mM EDTA, 0.5 mM NaN3, 0.1 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane sulfonic acid (DSS) 1.0 mM RalGDS-RBD non labeled100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM potassium buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
AUREMOL2.2Gronwald, Trenner, Brunner, Ganslmeier, Neidig & Kalbitzerデータ解析
CNS1.1Br nger構造決定
XPLOR-NIH2.9.6Schwieters精密化
AUREMOL2.2Gronwald, Trenner, Brunner, Ganslmeier, Neidig & Kalbitzeriterative matrix relaxation
精密化手法: simulated annealing first in torsion angle space, simulated annealing in cartesian space. Final refinement in explicit solvent (H2O).
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1680 restraints, 1550 are NOE-derived distance constraints, 104 dihedral angle restraints,26 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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