[日本語] English
万見
- PDB-2b30: Initial Crystallographic Structural Analysis of a putative HAD/CO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b30
タイトルInitial Crystallographic Structural Analysis of a putative HAD/COF-like hydrolase from Plasmodium vivax
要素Pvivax hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SGPP / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrolase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Initial Crystallographic Structural Analysis of a putative HAD/COF-like hydrolase from Plasmodium vivax
著者: Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2005年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT KNOWN, THE DIMERS (AB) AND (CD) ARE SUSPECTED BIOLOGICAL UNITS.
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein is not available at either SWS or GB sequence database at the ...SEQUENCE The sequence of this protein is not available at either SWS or GB sequence database at the time of processing. This protein is a homolog of Plasmodium falciparum PFL1270w, gi:23508948. The sequence is present in TargetDB as PVIV002324AAA, and in PlasmoDB v4.4 with gene identifier Pv_5271.phat_1. The N-terminus residues 1-8 are cloning artifacts.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pvivax hypothetical protein
B: Pvivax hypothetical protein
C: Pvivax hypothetical protein
D: Pvivax hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,23112
ポリマ－136,9294
非ポリマー3028
水1,928107
1
A: Pvivax hypothetical protein
B: Pvivax hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6156
ポリマ－68,4642
非ポリマー1514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Pvivax hypothetical protein
D: Pvivax hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6156
ポリマ－68,4642
非ポリマー1514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.101, 101.792, 97.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Pvivax hypothetical protein / putative Cof-like hydrolase / HAD-superfamily / subfamily IIB


分子量: 34232.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: A5K063
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, calcium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9739 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月13日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 34235 / Num. obs: 34235 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4944 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1L6R, 1NF2, 1NRW, 1RKQ, 1TJ3, and 1RLM

1l6r

1nf2

1nrw

1rkq

1tj3

1rlm


解像度: 2.7→37.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 13.216 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25984 1726 5 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
all0.20004 32477 --
obs0.20004 32477 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.151 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.03 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9054 0 8 107 9169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.95912079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.743318659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93251136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.60625.684380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17151529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1680.28250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.24423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.25179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1920.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.57745810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.32542334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44769039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.763561
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.052103038
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.845 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 253 -
Rwork0.23 4668 -
obs-4668 99.39 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る