#89 - 2007年5月 アコニターゼと鉄調節タンパク質1 (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)
#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
#200 - 2016年8月 正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' A: Coat protein B: Coat protein C: Coat protein
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' A: Coat protein B: Coat protein C: Coat protein
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' A: Coat protein B: Coat protein C: Coat protein
x 5
icosahedral pentamer
266 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)
分子数
合計 (水以外)
266,298
25
ポリマ-
266,298
25
非ポリマー
0
0
水
450
25
タイプ
名称
対称操作
数
identity operation
1_555
x,y,z
1
point symmetry operation
4
4
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' A: Coat protein B: Coat protein C: Coat protein
x 6
icosahedral 23 hexamer
320 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)
分子数
合計 (水以外)
319,558
30
ポリマ-
319,558
30
非ポリマー
0
0
水
540
30
タイプ
名称
対称操作
数
identity operation
1_555
x,y,z
1
point symmetry operation
5
5
登録構造と同一(異なる座標系)
icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ
名称
対称操作
数
transform to point frame
1
6
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' A: Coat protein B: Coat protein C: Coat protein
x 10
crystal asymmetric unit, crystal frame
533 kDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)
分子数
合計 (水以外)
532,596
50
ポリマ-
532,596
50
非ポリマー
0
0
水
901
50
タイプ
名称
対称操作
数
identity operation
1_555
x,y,z
2
point symmetry operation
9
単位格子
Length a, b, c (Å)
287.450, 287.450, 651.650
Angle α, β, γ (deg.)
90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number
155
Space group name H-M
H32
対称性
点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
解像度: 3.02→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The waters listed in remark 525 are ncs symmetry related waters which are in hydrogen bonding distance to protein or RNA when the biological molecule is generated. NCS symmetry related B ...詳細: The waters listed in remark 525 are ncs symmetry related waters which are in hydrogen bonding distance to protein or RNA when the biological molecule is generated. NCS symmetry related B chain instead of the chain used for the actual refinement has been included so that the protein-RNA interactions between the AB dimer and the R chain RNA are clear without generating the NCS symmetry related 'B' chain.