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- PDB-2b25: Human putative tRNA(1-methyladenosine)methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b25
タイトルHuman putative tRNA(1-methyladenosine)methyltransferase
要素hypothetical protein
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / methyl transferase / sam / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine) methyltransferase activity / mRNA (adenine-N1-)-methyltransferase activity / tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / mitochondrial tRNA processing / tRNA modification in the mitochondrion / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing ...rRNA (adenine) methyltransferase activity / mRNA (adenine-N1-)-methyltransferase activity / tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / mitochondrial tRNA processing / tRNA modification in the mitochondrion / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / TR61B FKBP-like domain / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...: / TR61B FKBP-like domain / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tempel, W. / Wu, H. / Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Tempel, W. / Wu, H. / Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human putative tRNA(1-methyladenosine)methyltransferase
著者: Wu, H. / Tempel, W. / Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2005年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 350GENERATING THE BIOMOLECULE THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IS UNKNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3178
ポリマ－75,5212
非ポリマー7976
水00
1
A: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1594
ポリマ－37,7601
非ポリマー3983
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1594
ポリマ－37,7601
非ポリマー3983
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子

A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,63516
ポリマ－151,0414
非ポリマー1,59412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area10110 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area40440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.533, 157.106, 113.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 37760.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BVS5
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 11 % PEG3350, 0.2M lithium citrate, 0.1M BisTris, 10% PEG400, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→78.57 Å / Num. obs: 30305 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.389
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Num. measured obsΧ2Diffraction-IDRmerge(I) obs
2.3-2.381005.929980.9921
2.38-2.48100629960.94610.415
2.48-2.5999.9630030.98610.341
2.59-2.73100630101.05110.238
2.73-2.9100630071.11910.164
2.9-3.12100630201.37710.115
3.12-3.441005.930441.59410.092
3.44-3.9396.84.629451.9410.077
3.93-4.951005.630801.92710.061
4.95-4099.85.232022.20610.064

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
RESOLVE位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1I9G

1i9g


解像度: 2.5→78.567 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.292 / WRfactor Rwork: 0.248 / SU B: 9.806 / SU ML: 0.22 / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.294
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 744 3.161 %thin shells
Rwork0.2466 ---
all0.248 ---
obs-23535 98.978 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.107 Å20 Å20 Å2
2---2.692 Å20 Å2
3----0.415 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→78.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3779 0 56 0 3835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.975314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11423.355155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73815624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2641521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22614
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0770.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.27722523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.52233931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26121608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.05731383
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5650.462620.311693175899.829
2.565-2.6350.366310.29216291660100
2.635-2.7110.368620.3151594165899.879
2.711-2.7950.421620.31615311593100
2.795-2.8860.314310.28515191550100
2.886-2.9870.357620.2714341496100
2.987-3.10.365310.2441409144299.861
3.1-3.2260.283620.23913281390100
3.226-3.370.307310.26513261357100
3.37-3.5340.287310.261224127698.354
3.534-3.7240.3620.2851035123289.042
3.724-3.950.34310.241089117095.726
3.95-4.2220.247310.2081034108298.429
4.222-4.5590.199310.17610001031100
4.559-4.9920.193310.181915946100
4.992-5.5790.247310.224829860100
5.579-6.43700.24276876999.87
6.437-7.870.336310.28963466699.85
7.87-11.0740.194310.198494525100
11.074-78.56700.3730631796.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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