+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uvq | ||||||
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Title | PatG Domain of Unknown Function | ||||||
Components | THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PATELLAMIDES / CYANOBACTINS / PROCHLORON. | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PROCHLORON SP. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.724 Å | ||||||
Authors | Mann, G. / Koehnke, J. / Bent, A.F. / Graham, R. / Schwarz-Linek, U. / Naismith, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2014 Title: The Structure of the Cyanobactin Domain of Unknown Function from Patg in the Patellamide Gene Cluster Authors: Mann, G. / Koehnke, J. / Bent, A.F. / Graham, R. / Schwarz-Linek, U. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uvq.cif.gz | 165 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uvq.ent.gz | 142.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uvq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/4uvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/4uvq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31321.184 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: DOMAIN OF UNKNOWN FUNCTION, RESIDUES 913-1185 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PROCHLORON SP. (bacteria) / Description: DAVIES REEF / Plasmid: PHISTEV / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q52QJ1 |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.88 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.04 M POTASSIUM PHOSPHATE, 16 % (W/V) PEG 8000, AND 20 % (V/V) GLYCEROL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.97 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 15, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→53.17 Å / Num. obs: 26646 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.77 Å / Redundancy: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 1.724→53.175 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.724→53.175 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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