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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b1o | ||||||
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タイトル | Solution Structure of Ca2+-bound DdCAD-1 | ||||||
要素 | Calcium-dependent cell adhesion molecule-1 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / DdCAD-1 / Calcium / Cell adherison | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sorocarp morphogenesis / contractile vacuole / sorocarp development / response to curcumin / aggregation involved in sorocarp development / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / biological process involved in interaction with symbiont / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / endocytic vesicle / ruffle ...sorocarp morphogenesis / contractile vacuole / sorocarp development / response to curcumin / aggregation involved in sorocarp development / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / biological process involved in interaction with symbiont / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / endocytic vesicle / ruffle / phagocytic vesicle / lipid droplet / extracellular matrix / filopodium / cell-cell junction / lamellipodium / cell cortex / regulation of gene expression / defense response to Gram-negative bacterium / calmodulin binding / external side of plasma membrane / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Lin, Z. / Sriskanthadevan, S. / Huang, H.B. / Siu, C.H. / Yang, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Solution structures of the adhesion molecule DdCAD-1 reveal new insights into Ca(2+)-dependent cell-cell adhesion 著者: Lin, Z. / Sriskanthadevan, S. / Huang, H.B. / Siu, C.H. / Yang, D.W. #1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004 タイトル: (1)H, (13)C and (15)N resonance assignments of Ca(2+)-free DdCAD-1: a Ca(2+)-dependent cell-cell adhesion molecule 著者: Lin, Z. / Huang, H.B. / Siu, C.H. / Yang, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b1o.cif.gz | 601.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b1o.ent.gz | 497.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b1o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2b1o_validation.pdf.gz | 349.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2b1o_full_validation.pdf.gz | 412.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2b1o_validation.xml.gz | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2b1o_validation.cif.gz | 54.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23818.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: cadA / プラスミド: pET-M / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P54657 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.5mM DdCAD-1 U-15N, 13C; 5mM CaCl2, 10mM PIPES buffer, 2mM DTT, 0.05mM SODIUM AZIDE, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 5mM CaCl2, 0.05mM SODIUM / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Energy minimization in Amber force field | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |