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万見
- PDB-2b1d: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3' Methionine Repressor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b1d
タイトル5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3' Methionine Repressor binding site
要素5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
キーワードDNA / sequence dependent DNA deformability / protein-DNA recognition
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Berman, H.M. / Locasale, J.W. / Napoli, A.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Signatures of protein-DNA recognition in free DNA binding sites.
著者: Locasale, J.W. / Napoli, A.A. / Chen, S. / Berman, H.M. / Lawson, C.L.
履歴
登録2005年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,48810
ポリマ－21,9806
非ポリマー5084
水1,00956
1
A: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5124
ポリマ－7,3272
非ポリマー1852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4883
ポリマ－7,3272
非ポリマー1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4883
ポリマ－7,3272
非ポリマー1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.980, 40.346, 40.255
Angle α, β, γ (deg.)82.15, 69.13, 81.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MPD, sodium cacodylate, cobalt hexamine, magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3cobalt hexamine11
4magnesium chloride11
5H2O11
6MPD12
7sodium cacodylate12
8cobalt hexamine12
9magnesium chloride12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→99 Å / Num. all: 7790 / Num. obs: 7790 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.483
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Num. measured obs: 614 / Χ2: 1.936 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ID BD0001 (PDB ID 423D)

423d


解像度: 2.5→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 13.384 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.787 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 624 8.1 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all0.239 7684 --
obs0.239 7684 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.029 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å2-0.63 Å2-2.49 Å2
2---0.51 Å20.23 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1458 22 56 1536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg7.66132568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0490.02766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.350.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.55131656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.3964.52568
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.885 Å / Total num. of bins used: 4 /
Rfactor反射数
Rfree0.535 203
Rwork0.442 2468
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45940.68640.97260.11320.04954.26280.21730.1279-0.0979-0.09370.0663-0.03690.470.1208-0.28350.30080.0685-0.0510.1786-0.00430.067-38.1293-23.765327.8991
23.40590.27680.0540.9713-0.05730.645-0.03880.24070.43420.01120.009-0.13880.05870.02940.02970.09020.02920.03140.18520.07730.2189-33.281-8.05430.4043
30.86771.06280.0356.9103-0.04841.28680.0270.02430.1806-0.0404-0.12750.3281-0.0751-0.04930.10050.2498-0.01030.01970.0004-0.00110.1975-46.9346-9.129646.0194
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Label seq-ID: 1 - 12

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11AA1 - 12
21BB13 - 24
32CC1 - 12
42DD13 - 24
53EE1 - 12
63FF13 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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