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- PDB-2b0g: Solution Structure of Drosophila melanogaster SNF RBD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b0g
タイトルSolution Structure of Drosophila melanogaster SNF RBD2
要素U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SNF RBD2 / RNA binding / RNA splicing / solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / female germ-line sex determination / mRNA Splicing - Major Pathway / small nuclear ribonucleoprotein complex / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome ...primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / female germ-line sex determination / mRNA Splicing - Major Pathway / small nuclear ribonucleoprotein complex / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / precatalytic spliceosome / oogenesis / U2 snRNA binding / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / Simulated annealing, molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Cui, G. / Li, C. / Jin, C. / Xia, B.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Solution Structure of Drosophila melanogaster SNF RBD2
著者: Cui, G. / Li, C. / Jin, C. / Xia, B.
履歴
登録2005年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5201
ポリマ－9,5201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / SNF / U1 snRNP protein A / U1-A / Sex determination protein snf


分子量: 9519.945 Da / 分子数: 1 / 断片: SNF RBD2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: pET-28(a+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P43332

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure is the averaged structure of SNF RBD2 and energy-minimized by AMBER

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試料調製

詳細内容: 1mM SNF RBD2 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer NA; 1mM EDTA; 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 250 mM / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe2.1Frank Delaglio解析
NMRView5Bruce Johnsonデータ解析
CYANA1.0.6Peter Guntert構造決定
Amber7David Case精密化
精密化手法: Simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was based on total 3828 restraints.3715 are NOE derived distance restraints, 61 are hihedral angle restraints, 52 are distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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