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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b0e | ||||||
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タイトル | EcoRV Restriction Endonuclease/GAAUTC/Ca2+ | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / protein-nucleic acid recognition / indirect readout / restriction enzyme / substrate specificity / noncognate / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hiller, D.A. / Rodriguez, A.M. / Perona, J.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Non-cognate Enzyme-DNA Complex: Structural and Kinetic Analysis of EcoRV Endonuclease Bound to the EcoRI Recognition Site GAATTC 著者: Hiller, D.A. / Rodriguez, A.M. / Perona, J.J. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structural and energetic origins of indirect readout in site-specific DNA cleavage by a restriction endonuclease 著者: Martin, A.M. / Sam, M.D. / Reich, N.O. / Perona, J.J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Simultaneous DNA binding and bending by EcoRV endonuclease observed by real-time fluorescence 著者: Hiller, D.A. / Fogg, J.M. / Martin, A.M. / Beechem, J.M. / Reich, N.O. / Perona, J.J. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: DNA cleavage by EcoRV endonuclease: two metal ions in three metal ion binding sites 著者: Horton, N.C. / Perona, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b0e.cif.gz | 125.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b0e.ent.gz | 92.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2b0e_validation.pdf.gz | 444.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2b0e_full_validation.pdf.gz | 457.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2b0e_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2b0e_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b0e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3342.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 28690.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoRVR / プラスミド: pBSRV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): mm294 参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4K, Hepes, NaCl, CaCl2, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.3 Å / Num. obs: 69729 / % possible obs: 90 % / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 88.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→6 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.625 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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