PDB-2b05: Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b05

タイトル

Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide

要素

14-3-3 protein gamma
peptide

キーワード

CELL CYCLE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cell-cell adhesion / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / regulation of neuron differentiation / protein kinase C inhibitor activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / regulation of signal transduction / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Arrowsmith, C. / Zhao, Y. / Debreczeni, E.J. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Doyle, D. / von Delft, F. / Turnbull, A. / Yang, X.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide
著者: Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Arrowsmith, C. / Zhao, Y. / Debreczeni, E.J. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Doyle, D. / von Delft, F. / Turnbull, A. / Yang, X.

履歴

登録	2005年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b05.cif.gz	275.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b05.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2b05_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b05_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
XML形式データ	2b05_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	2b05_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bq0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c1j-d 6gkf-2 7d8p-d 5m35-d 6ymo-d 6gkf-3 6t80-1 6yo8-2 6hep-2 4n7y-d 3nkx-d 5iqp-d 5xy9-d 6ef5-1 6gkg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (13) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein gamma

G: peptide

B: 14-3-3 protein gamma

H: peptide

C: 14-3-3 protein gamma

I: peptide

D: 14-3-3 protein gamma

J: peptide

E: 14-3-3 protein gamma

K: peptide

F: 14-3-3 protein gamma

L: peptide

174 kDa, 12 ポリマー
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1

A: 14-3-3 protein gamma

G: peptide

D: 14-3-3 protein gamma

J: peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 4 ポリマー
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2

B: 14-3-3 protein gamma

H: peptide

C: 14-3-3 protein gamma

I: peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 4 ポリマー
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3

E: 14-3-3 protein gamma

K: peptide

F: 14-3-3 protein gamma

L: peptide

登録者が定義した集合体
57.9 kDa, 4 ポリマー
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4

A: 14-3-3 protein gamma

G: peptide

D: 14-3-3 protein gamma

J: peptide

A: 14-3-3 protein gamma

G: peptide

D: 14-3-3 protein gamma

J: peptide

E: 14-3-3 protein gamma

K: peptide

F: 14-3-3 protein gamma

L: peptide

E: 14-3-3 protein gamma

K: peptide

F: 14-3-3 protein gamma

L: peptide

B: 14-3-3 protein gamma

H: peptide

C: 14-3-3 protein gamma

I: peptide

B: 14-3-3 protein gamma

H: peptide

C: 14-3-3 protein gamma

I: peptide

ソフトウェアが定義した集合体
347 kDa, 24 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	8_444	-y-1,-x-1,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1
crystal symmetry operation	8_454	-y-1,-x,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	4_444	y-1/2,-x-1/2,z-1/4	1
crystal symmetry operation	6_444	x-1/2,-y-1/2,-z-1/4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.571, 121.571, 313.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ASP	ASP	6	A	A	2 - 3	1 - 2
2	1	1	VAL	VAL	ASP	ASP	6	B	C	2 - 3	1 - 2
3	1	1	VAL	VAL	ASP	ASP	6	C	E	2 - 3	1 - 2
4	1	1	VAL	VAL	ASP	ASP	6	D	G	2 - 3	1 - 2
5	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	3	A	A	4 - 72	3 - 71
6	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	3	B	C	4 - 72	3 - 71
7	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	3	C	E	4 - 72	3 - 71
8	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	3	D	G	4 - 72	3 - 71
9	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	3	E	I	4 - 72	3 - 71
10	3	1	GLU	GLU	THR	THR	3	A	A	76 - 210	75 - 209
11	3	1	GLU	GLU	THR	THR	3	B	C	76 - 210	75 - 209
12	3	1	GLU	GLU	THR	THR	3	C	E	76 - 210	75 - 209
13	3	1	GLU	GLU	THR	THR	3	D	G	76 - 210	75 - 209
14	3	1	GLU	GLU	THR	THR	3	E	I	76 - 210	75 - 209
15	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	A	A	211 - 221	210 - 220
16	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	B	C	211 - 221	210 - 220
17	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	C	E	211 - 221	210 - 220
18	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	D	G	211 - 221	210 - 220
19	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	E	I	211 - 221	210 - 220
20	5	1	ILE	ILE	THR	THR	3	A	A	222 - 234	221 - 233
21	5	1	ILE	ILE	THR	THR	3	B	C	222 - 234	221 - 233
22	5	1	ILE	ILE	THR	THR	3	C	E	222 - 234	221 - 233
23	5	1	ILE	ILE	THR	THR	3	D	G	222 - 234	221 - 233
24	5	1	ILE	ILE	THR	THR	3	E	I	222 - 234	221 - 233
1	1	2	ARG	ARG	PRO	PRO	1	G	B	502 - 507	1 - 6
2	1	2	ARG	ARG	PRO	PRO	1	L	L	502 - 507	1 - 6
1	1	3	ASP	ASP	ASN	ASN	2	A	A	73 - 75	72 - 74
2	1	3	ASP	ASP	ASN	ASN	2	B	C	73 - 75	72 - 74
3	1	3	ASP	ASP	ASN	ASN	2	C	E	73 - 75	72 - 74
4	1	3	ASP	ASP	ASN	ASN	2	D	G	73 - 75	72 - 74
1	1	4	VAL	VAL	ASP	ASP	1	A	A	2 - 3	1 - 2
2	1	4	VAL	VAL	ASP	ASP	1	C	E	2 - 3	1 - 2
1	1	5	VAL	VAL	ASP	ASP	1	B	C	2 - 3	1 - 2
2	1	5	VAL	VAL	ASP	ASP	1	D	G	2 - 3	1 - 2

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	14-3-3 protein gamma / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1 分子量: 28205.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAG / プラスミド: pTvHR21- SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P61981
#2: タンパク質・ペプチド	peptide 分子量: 736.774 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9919 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月2日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→48.2 Å / Num. all: 77674 / Num. obs: 77602 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.079
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2BQ0

2bq0

解像度: 2.55→48.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 21.776 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Electron density for the chain F molecule clearly varyfies its presence. However, the density is of very low quality. Hence, chain F has ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30175	2301	3 %	RANDOM
R_work	0.258	-	-	-
all	0.2655	77403	-	-
obs	0.25933	74805	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.465 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10960	0	0	128	11088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	11146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.222	1.962	15136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.378	5	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.225	24.487	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.427	15.048	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.383	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	5123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	7860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.368	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.265	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.551	1.5	7317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.923	2	11415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.51	3	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.384	4.5	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	888	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	888	tight positional	0.07	0.05
1	3	C	888	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	888	tight positional	0.05	0.05
1	9	E	888	tight positional	0.07	0.05
2	1	G	1828	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	12	tight positional	0.03	0.05
3	2	B	12	tight positional	0.05	0.05
3	3	C	12	tight positional	0.02	0.05
3	4	D	12	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	15	tight positional	0.03	0.05
5	1	B	15	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	5	medium positional	0.34	0.5
3	2	B	5	medium positional	1	0.5
3	3	C	5	medium positional	0.42	0.5
3	4	D	5	medium positional	0.35	0.5
1	1	A	783	loose positional	0.39	5
1	2	B	783	loose positional	0.45	5
1	3	C	783	loose positional	0.36	5
1	4	D	783	loose positional	0.38	5
1	9	E	783	loose positional	0.43	5
1	1	A	888	tight thermal	2.46	10
1	2	B	888	tight thermal	1.78	10
1	3	C	888	tight thermal	2.48	10
1	4	D	888	tight thermal	2.35	10
1	9	E	888	tight thermal	3.37	10
2	2	L	1828	tight thermal	2.43	10
3	1	A	12	tight thermal	2.8	10
3	2	B	12	tight thermal	0.39	10
3	3	C	12	tight thermal	2.23	10
3	4	D	12	tight thermal	5.06	10
4	1	A	15	tight thermal	2.75	10
5	1	B	15	tight thermal	1.33	10
3	1	A	5	medium thermal	2.28	10
3	2	B	5	medium thermal	1.49	10
3	3	C	5	medium thermal	2.5	10
3	4	D	5	medium thermal	5.83	10
1	1	A	783	loose thermal	2.71	10
1	2	B	783	loose thermal	2.19	10
1	3	C	783	loose thermal	2.68	10
1	4	D	783	loose thermal	2.43	10
1	9	E	783	loose thermal	3.22	10

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.439	157	-
R_work	0.357	5467	-
obs	-	-	99.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)