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- PDB-2azh: Solution structure of iron-sulfur cluster assembly protein SUFU f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2azh
タイトルSolution structure of iron-sulfur cluster assembly protein SUFU from Bacillus subtilis, with zinc bound at the active site. Northeast Structural Genomics Consortium target SR17
要素SufU
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SR17 / autostructure / iron-sulfur / zinc / ISCU / SUFU / NIFU-like / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素 / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-dependent sulfurtransferase SufU
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / MINIMAL CONSTRAINT STRUCTURE, CONTAINED 512 CONFORMATIONALLY RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 54 HYDROGEN BONDED PAIRS, 186 RESIDUAL DIPOLAR COUPLING CONSTRAINTS, 197 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. 7.0 CONSTRAINTS PER CONFORMATIONALLY CONSTRAINED RESIDUE. 1.0 LONG RANGE CONSTRAINT PER RESIDUE.
データ登録者Kornhaber, G.J. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Aramini, J.M. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Solution NMR Structure of Zn-Ligated Fe-S Cluster Assembly Scaffold Protein SufU From Bacillus subtilis
著者: Kornhaber, G.J. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Aramini, J.M. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2005年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SufU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2512
ポリマ－16,1851
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SufU / IscU


分子量: 16185.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YURV / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: O32163
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N-1H HSQC, 2D 13C-1H HSQC, 3D HNCO, 3D HNCA, 3D HN(CO)CA, 3D HN(CA)CB, 3D HN(CO)CACB, 3D (H)CC(CO)NH-TOCSY, 3D (H)CC(CO)NH-TOCSY
2222D HH NOESY, 2D 13C-1H HSQC, 2D 15N-1H HSQC, 3D 15N-NOESY, 3D 13C-NOESY, 4D CC NOESY
2332D 13C-1H HSQC
1442D 15N-1H IPAP-HSQC
1552D 15N-1H IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 MM U-15N, U-13C, PERDEUTERATEDSUFU WITH 13C,1H-LEU, VAL AND ILE-DELTA METHYLS, IN 50MM SODIUM PHOSPHATE, 100MM NACL, 1MM DTT, 0.02% NAN3, 5% D2O, 95% H2O5% D2O, 95% H2O
21.0 MM U-15N, U-13C, PERDEUTERATED SUFU WITH 13C,1H-LEU, VAL AND ILE-DELTA METHYLS AND 12C,15N,1H - PHE,TYR IN 100MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200MM GLYCEROL, 1MM DTT, 0.02% NAN3, 5% D2O, 95% H2O5% D2O, 95% H2O
31.0 MM U-5%13C, U-15N SUFU IN 100MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200MM GLYCEROL, 1MM DTT, 0.02% NAN3, 5% D2O, 95% H2O5% D2O, 95% H2O
40.8 mM U-5%13C, U-15N SUFU IN 50MM SODIUM PHOSPHATE, 100MM NACL, 1MM DTT, 0.02% NAN3, 5% HEXAETHYLENE GLYCOL MONODODECYL ETHER/N-HEXANOL, 90% H2O, 5% D2O90% H2O, 5% D2O
50.8 mM U-5%13C, U-15N SUFU IN 50MM SODIUM PHOSPHATE, 100MM NACL, 1MM DTT, 0.02% NAN3, 3.5% PENTAETHYLENE GLYCOL ETHER/N-OCTANOL, 91.5% H2O, 5% D2O91.5% H2O, 5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM NaCl, 50mM Sodium Phosphate 6.5ambient 20 K
2100mM Potassium Phosphate 6.5ambient 20 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AUTOSTRUCTURE-DYANA1.1.2Huang, Montelione et al.構造決定
XPLOR-NIH2.0.6Schwieters, Clore et al.構造決定
TALOS2.1Cornilescu, Bax et al.データ解析
NMRPipe2.1Delaglio, Bax et al.解析
AutoAssign1.9Zimmerman, Montelione et al.データ解析
Sparky3.2Goddard, Kneller et al.データ解析
PdbStat3.2Tejero, Montelione et al.データ解析
PALES2.1Zweckstetterデータ解析
XPLOR-NIH2.0.6精密化
精密化手法: MINIMAL CONSTRAINT STRUCTURE, CONTAINED 512 CONFORMATIONALLY RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 54 HYDROGEN BONDED PAIRS, 186 RESIDUAL DIPOLAR COUPLING CONSTRAINTS, 197 DIHEDRAL ...手法: MINIMAL CONSTRAINT STRUCTURE, CONTAINED 512 CONFORMATIONALLY RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 54 HYDROGEN BONDED PAIRS, 186 RESIDUAL DIPOLAR COUPLING CONSTRAINTS, 197 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. 7.0 CONSTRAINTS PER CONFORMATIONALLY CONSTRAINED RESIDUE. 1.0 LONG RANGE CONSTRAINT PER RESIDUE.
ソフトェア番号: 1
詳細: DETERMINATION WAS PERFORMED WITH THE FOLLOWING STEPS: RESONANCE ASSIGNMENTS, TORTION ANGLE CONTRAINTS, HYDROGEN BONDED PAIRS AND NOESY CROSSPEAK DATA WAS USED AS INPUT INTO AUTOSTRUCTURE- ...詳細: DETERMINATION WAS PERFORMED WITH THE FOLLOWING STEPS: RESONANCE ASSIGNMENTS, TORTION ANGLE CONTRAINTS, HYDROGEN BONDED PAIRS AND NOESY CROSSPEAK DATA WAS USED AS INPUT INTO AUTOSTRUCTURE-DYANA. AUTOSTRUCTURE-DYANA IDENTIFIED DISTANCE CONSTRAINTS. THESE DISTANCE CONSTRAINTS WERE USED AS INPUT INTO AN XPLOR-NIH SIMULATED ANNEALING. USING CNS THE TOP TEN XPLOR-NIH STRUCTURES WERE ENERGY MINIMIZED IN EXPLICIT WATER WITH RDC CONSTRAINTS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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