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万見
- PDB-2aze: Structure of the Rb C-terminal domain bound to an E2F1-DP1 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aze
タイトルStructure of the Rb C-terminal domain bound to an E2F1-DP1 heterodimer
要素
  • Retinoblastoma-associated protein
  • Transcription factor Dp-1
  • Transcription factor E2F1
キーワードCELL CYCLE / TRANSCRIPTION / coiled coil / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of tau-protein kinase activity / Rb-E2F complex / lens fiber cell apoptotic process / regulation of lipid kinase activity / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of myofibroblast differentiation ...Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of tau-protein kinase activity / Rb-E2F complex / lens fiber cell apoptotic process / regulation of lipid kinase activity / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / positive regulation of extracellular matrix organization / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of centromere complex assembly / positive regulation of macrophage differentiation / glial cell apoptotic process / tissue homeostasis / protein localization to chromosome, centromeric region / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / importin-alpha family protein binding / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / neuron maturation / mRNA stabilization / digestive tract development / aortic valve morphogenesis / anoikis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / Replication of the SARS-CoV-1 genome / myoblast differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / SWI/SNF complex / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA-binding transcription activator activity / smoothened signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of fat cell differentiation / G2 Phase / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / hepatocyte apoptotic process / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of DNA binding / skeletal muscle cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / G0 and Early G1 / negative regulation of cell cycle / chromosome organization / epidermis development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / glial cell proliferation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / heterochromatin formation / Cyclin E associated events during G1/S transition / negative regulation of smoothened signaling pathway / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / forebrain development / striated muscle cell differentiation / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / epithelial cell proliferation / DNA damage checkpoint signaling / phosphoprotein binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of protein kinase activity / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell growth / PML body / Pre-NOTCH Transcription and Translation / kinase binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of inflammatory response / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / negative regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #540 / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #540 / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Cyclin-like superfamily / Helix non-globular / Special / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-associated protein / Transcription factor E2F1 / Transcription factor Dp-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Rubin, S.M. / Gall, A.L. / Zheng, N. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Structure of the Rb C-terminal domain bound to E2F1-DP1: a mechanism for phosphorylation-induced E2F release.
著者: Rubin, S.M. / Gall, A.L. / Zheng, N. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2005年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor Dp-1
B: Transcription factor E2F1
C: Retinoblastoma-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6163
ポリマ－34,6163
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
2
A: Transcription factor Dp-1
B: Transcription factor E2F1
C: Retinoblastoma-associated protein

A: Transcription factor Dp-1
B: Transcription factor E2F1
C: Retinoblastoma-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2336
ポリマ－69,2336
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area20820 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area30470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.8, 168.6, 48.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor Dp-1 / E2F dimerization partner 1 / DRTF1-polypeptide-1 / DRTF1


分子量: 17603.086 Da / 分子数: 1
断片: coiled coil and marked box domains (residues 199-350)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFDP1, DP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14186
#2: タンパク質 Transcription factor E2F1 / E2F-1 / Retinoblastoma binding protein 3 / RBBP-3 / PRB-binding protein E2F-1 / PBR3 / ...E2F-1 / Retinoblastoma binding protein 3 / RBBP-3 / PRB-binding protein E2F-1 / PBR3 / Retinoblastoma-associated protein 1 / RBAP-1


分子量: 11898.352 Da / 分子数: 1
断片: coiled coil and marked box domains (residues 200-301)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: E2F1, RBBP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01094
#3: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-associated protein / PP110 / P105-RB / RB


分子量: 5114.920 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal core domain (residues 829-874) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06400
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Sodium Citrate, Ammonium Sulfate, PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9498
シンクロトロンNSLS X4A20.97916, 0.97241, 0.97929
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年4月20日
ADSC QUANTUM 42CCD2004年1月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Insertion DeviceSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94981
20.979161
30.972411
40.979291
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 19350 / % possible obs: 97.8 % / Rsym value: 0.053
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→15 Å / σ(F): 0 / 詳細: REFMAC was also used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 872 5.1 %Random
Rwork0.221 ---
obs-17600 93.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2325 0 0 131 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.157
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.58
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 --
Rwork0.273 1104 -
obs--82.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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