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- PDB-2axi: HDM2 in complex with a beta-hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2axi
タイトルHDM2 in complex with a beta-hairpin
要素
  • Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
  • cyclic 8-mer peptide
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / P53 / DRUG DESIGN / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / fibroblast activation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / fibroblast activation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of protein processing / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / response to steroid hormone / SUMO transferase activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / atrioventricular valve morphogenesis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to iron ion / NEDD8 ligase activity / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / positive regulation of muscle cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / blood vessel development / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cellular response to antibiotic / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of protein catabolic process / cellular response to UV-C / cellular response to estrogen stimulus / protein sumoylation / response to magnesium ion / blood vessel remodeling / ribonucleoprotein complex binding / protein localization to nucleus / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / : / positive regulation of protein export from nucleus / response to cocaine / ubiquitin binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / establishment of protein localization / sperm end piece / Stabilization of p53 / cellular response to gamma radiation / Regulation of RUNX3 expression and activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Degradation of CDH1 / cellular response to growth factor stimulus / protein destabilization / response to toxic substance / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / disordered domain specific binding / protein polyubiquitination / p53 binding / ubiquitin-protein transferase activity / endocytic vesicle membrane / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / sperm principal piece / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / sperm midpiece / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclo(L-alpha-aspartyl-L-tryptophyl-L-alpha-glutamyl-L-phenylalanyl-D-prolyl-L-prolyl-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-6 -chloro-L-tryptophyl-L-leucyl) / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Mittl, P.R.E. / Fasan, R. / Robinson, J. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2006
タイトル: Structure-Activity Studies in a Family of beta-Hairpin Protein Epitope Mimetic Inhibitors of the p53-HDM2 Protein-Protein Interaction.
著者: Fasan, R. / Dias, R.L. / Moehle, K. / Zerbe, O. / Obrecht, D. / Mittl, P.R. / Robinson, J.A.
履歴
登録2005年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1665
ポリマ－14,7642
非ポリマー4013
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area6450 Å2
手法PISA
2
A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子

A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,33110
ポリマ－29,5284
非ポリマー8036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3960 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
3
A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子

A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,33110
ポリマ－29,5284
非ポリマー8036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
4
A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
ヘテロ分子

A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
ヘテロ分子

B: cyclic 8-mer peptide

B: cyclic 8-mer peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,33110
ポリマ－29,5284
非ポリマー8036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z+1/21
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
5
A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子

A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
B: cyclic 8-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,33110
ポリマ－29,5284
非ポリマー8036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3240 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area13110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.180, 77.749, 61.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-352-

HOH

31A-380-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2 / p53-binding protein Mdm2 / Oncoprotein Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2


分子量: 13364.231 Da / 分子数: 1 / 断片: HDM2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9UMT8, UniProt: Q00987*PLUS, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド cyclic 8-mer peptide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1399.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was synthesized.
参照: cyclo(L-alpha-aspartyl-L-tryptophyl-L-alpha-glutamyl-L-phenylalanyl-D-prolyl-L-prolyl-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-6 -chloro-L-tryptophyl-L-leucyl)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82115 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.460266 % / 解説: Data was collected in-house and at the synchrotron
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MES, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月1日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 21288 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.18 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.19
反射 シェル解像度: 1.4→1.41 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YCR

1ycr


解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2336 2223 RANDOM
obs0.149 --
all-21512 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数864 0 23 96 983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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