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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2av0 | |||||||||
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タイトル | F97L with CO bound | |||||||||
![]() | Globin I | |||||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Oxygen transport / oxygen binding / allosteric / hemoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Knapp, J.E. / Bonham, M.A. / Gibson, Q.H. / Nichols, J.C. / Royer Jr., W.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Residue F4 plays a key role in modulating oxygen affinity and cooperativity in Scapharca dimeric hemoglobin 著者: Knapp, J.E. / Bonham, M.A. / Gibson, Q.H. / Nichols, J.C. / Royer Jr., W.E. #1: ![]() タイトル: Mutation of residue Phe97 to LEU disrupts the central allosteric pathway in scapharca dimeric hemoglobin 著者: Pardanani, A. / Gibson, Q.H. / Colotti, G. / Royer Jr., W.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The A and B chains form the biological dimeric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15933.286 Da / 分子数: 2 / 変異: F97L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pcs-26 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 7.5 / 詳細: Phosphate, pH 7.5, SMALL TUBES, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月8日 / 詳細: Collimator |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→40 Å / Num. all: 46235 / Num. obs: 40594 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0552 / Rsym value: 0.0552 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 54.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3SDH 解像度: 1.5→38.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1489678.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Inidividual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.7764 Å2 / ksol: 0.344056 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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