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万見
- PDB-2atm: Crystal structure of the recombinant allergen Ves v 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2atm
タイトルCrystal structure of the recombinant allergen Ves v 2
要素Hyaluronoglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / beta-alpha-barrels
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronoglucosaminidase / hyalurononglucosaminidase activity / hyaluronan catabolic process / defense response / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 56, bee venom hyaluronidase / Hyaluronidase / Hyaluronidase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vespula vulgaris (キオビクロスズメバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Skov, L.K. / Seppala, U. / Coen, J.J.F. / Crickmore, N. / King, T.P. / Monsalve, R. / Kastrup, J.S. / Spangfort, M.D. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of recombinant Ves v 2 at 2.0 Angstrom resolution: structural analysis of an allergenic hyaluronidase from wasp venom.
著者: Skov, L.K. / Seppala, U. / Coen, J.J. / Crickmore, N. / King, T.P. / Monsalve, R. / Kastrup, J.S. / Spangfort, M.D. / Gajhede, M.
履歴
登録2005年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyaluronoglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2923
ポリマ－39,0001
非ポリマー2912
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.674, 95.056, 100.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hyaluronoglucosaminidase / Hyaluronidase / Allergen Ves v 2 / Ves v II


分子量: 39000.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vespula vulgaris (キオビクロスズメバチ)
プラスミド: pET3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49370, hyaluronoglucosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium sulfat, sodium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I7111
シンクロトロンESRF ID2920.979
検出器
タイプID日付検出器
12002年4月15日
ADSC QUANTUM 422002年5月10日CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 28373 / Num. obs: 28373 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. measured obs: 2756 / Χ2: 1.004 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb code 1fcq

1fcq


解像度: 2→24.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 312664.969 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1324 4.8 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.1878 28348 --
obs0.1878 27345 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.61 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å20 Å20 Å2
2---4.72 Å20 Å2
3---0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2695 0 17 334 3046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.342.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 184 4.3 %
Rwork0.229 4092 -
all-4276 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.topprotein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.topcarbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4mes_cns.topion.param
X-RAY DIFFRACTION5ion.topmes_cns.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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