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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2at6 | ||||||
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タイトル | 1.22 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Containing Fe(III) Deuteroporphyrin IX Complexed With Water at pH 5.6 | ||||||
![]() | Nitrophorin 4 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / beta barrel / ferric / heme analog / Fe(III) Deuteroporphyrin IX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Heme distortion in nitrophorin 4: high resolution structures of mutated positions L123V and L133V and heme altered proteins 著者: Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN Fe(III) Deuteroporphyrin IX is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-Fe- ...HETEROGEN Fe(III) Deuteroporphyrin IX is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-Fe-CHC axis which is reflected in conformation A and conformation B of the ligand. Water occupies the sixth coordination position of the Fe(III) Deuteroporphyrin IX. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer consisting of chain X and the Fe(III) Deuteroporphyrin IX, and can be generated by the identity operation: x,y,z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FDE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.75 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→21.35 Å / Num. obs: 44684 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.19 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.3 / Scaling rejects: 2133 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.26 Å / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.02 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured obs: 65 / Num. unique all: 4353 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1X8Q 解像度: 1.22→20.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.294 / SU ML: 0.027 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Anisotropic refinement reduced Free R. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.368 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å / Luzzati d res low obs: 4.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→20.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
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