PDB-1sxy: 1.07 A Crystal Structure of D30N Mutant of Nitrophorin 4 from Rho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sxy

タイトル

1.07 A Crystal Structure of D30N Mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus

要素

Nitrophorin 4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lipocalin / beta barrel / ferric heme

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Maes, E.M. / Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Shepley, D. / Montfort, W.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Role of binding site loops in controlling nitric oxide release: structure and kinetics of mutant forms of nitrophorin 4
著者: Maes, E.M. / Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Shepley, D. / Montfort, W.R.

履歴

登録	2004年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sxy.cif.gz	99.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sxy.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/1sxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/1sxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sxuC 1sxwC 1sxxC 1sy0C 1sy1C 1sy2C 1sy3C 1d2uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sy0-d 2at6-d 1u0x-d 1sy3-d 1eqd-d 3c78-d 2at8-d 1x8q-d 1x8n-d 1x8p-d 1sy2-d 1ml7-d 1x8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrophorin 4

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.142, 42.776, 52.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-207- HOH
2	1	A-210- HOH
3	1	A-296- HOH

#1: タンパク質	Nitrophorin 4 / NP4 分子量: 20291.678 Da / 分子数: 1 / 変異: D30N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 器官: salivary glands / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734
#2: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION 分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月20日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射	モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→19.83 Å / Num. all: 67346 / Num. obs: 67346 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.37 % / B_iso Wilson estimate: 5.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 24.2
反射シェル	解像度: 1.07→1.11 Å / 冗長度: 5.22 % / R_merge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 6648 / R_sym value: 0.201 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDISPLAYF		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1D2U

1d2u

解像度: 1.07→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 0.338 / SU ML: 0.018 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17199	3386	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14955	-	-	-
all	0.15069	67346	-	-
obs	0.15069	63529	96.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.018 Å	0.032 Å
Luzzati sigma a	-	0.032 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1473	0	44	270	1787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.759	2.046	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.927	3	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.896	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.262	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.104	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.461	1.5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.155	2	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.501	3	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.562	4.5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.343	2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.895	2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.381	2	1516

LS精密化シェル

解像度: 1.07→1.098 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.23	248
R_work	0.237	4569
obs	-	4569

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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