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万見
- PDB-2ask: Structure of human Artemin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ask
タイトルStructure of human Artemin
要素artemin
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Glial cell derived family ligand / neurotrphoic growth factor / sulfates / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / Peyer's patch morphogenesis / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / peripheral nervous system development / induction of positive chemotaxis / NCAM1 interactions / RET signaling / neuroblast proliferation / axon guidance ...glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / Peyer's patch morphogenesis / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / peripheral nervous system development / induction of positive chemotaxis / NCAM1 interactions / RET signaling / neuroblast proliferation / axon guidance / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / RAF/MAP kinase cascade / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor family / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Silvian, L. / Jin, P. / Carmillo, P. / Boriack-Sjodin, P.A. / Pelletier, C. / Rushe, M. / Gong, B.J. / Sah, D. / Pepinsky, B. / Rossomando, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Artemin crystal structure reveals insights into heparan sulfate binding.
著者: Silvian, L. / Jin, P. / Carmillo, P. / Boriack-Sjodin, P.A. / Pelletier, C. / Rushe, M. / Gong, B.J. / Sah, D. / Pepinsky, B. / Rossomando, A.
履歴
登録2005年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: artemin
B: artemin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5468
ポリマ－23,9702
非ポリマー5766
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
2
A: artemin
B: artemin
ヘテロ分子

A: artemin
B: artemin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,09216
ポリマ－47,9394
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area11540 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
3
A: artemin
B: artemin
ヘテロ分子

A: artemin
B: artemin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,09216
ポリマ－47,9394
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_754-x+2,y,-z-11
Buried area10160 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.631, 33.674, 55.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 artemin


分子量: 11984.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: GenBank: 55959167, UniProt: Q5T4W7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Magnesium Sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Confocal Blue mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 30142 / Num. obs: 29225 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル最高解像度: 1.55 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2719 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.55→15.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 483024.53 / Data cutoff high rms absF: 483024.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1426 4.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.231 29322 --
obs0.231 28955 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.8269 Å2 / ksol: 0.425408 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5 Å20 Å2-2.62 Å2
2--9.05 Å20 Å2
3----3.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→15.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 30 212 1770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.352.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 225 5 %
Rwork0.28 4236 -
obs--87.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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