[日本語] English
万見
- PDB-2arg: FORMATION OF AN AMINO ACID BINDING POCKET THROUGH ADAPTIVE ZIPPER... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2arg
タイトルFORMATION OF AN AMINO ACID BINDING POCKET THROUGH ADAPTIVE ZIPPERING-UP OF A LARGE DNA HAIRPIN LOOP, NMR, 9 STRUCTURES
要素DNA APTAMER [5'-D (*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP* GP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*A)-3']
キーワードDNA / ADAPTIVE DNA STRUCTURAL TRANSITIONS / L-ARGININAMIDE BINDING POCKET / MOLECULAR RECOGNITION OF AN AMINO ACID / MINOR GROOVE RECOGNITION / BASE ENCAPSULATION WITHIN MINOR GROOVE / DNA APTAMER / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
機能・相同性ARGININEAMIDE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMIC
データ登録者Lin, C.H. / Wang, W. / Jones, R.A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1998
タイトル: Formation of an amino-acid-binding pocket through adaptive zippering-up of a large DNA hairpin loop.
著者: Lin, C.H. / Wang, W. / Jones, R.A. / Patel, D.J.
履歴
登録1998年8月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02022年7月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA APTAMER [5'-D (*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP* GP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*A)-3']
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5522
ポリマ－9,3781
非ポリマー1741
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 20LEAST NOE, VDW, AND BOND ANGLE VIOLATION, LEAST TOTAL ENERGY
代表モデル

-
要素

#1: DNA鎖 DNA APTAMER [5'-D (*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP* GP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*A)-3']


分子量: 9378.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHESIZED IN-HOUSE ON A 10 MICROMOLAR SCALE SYNTHESIS USING APPLIED BIOSYSTEM 392 DNA/RNA SYNTHESIZER
#2: 化合物 ChemComp-AAR / ARGININEAMIDE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 174.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16N5O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131ROESY
1411H-15N HMQC
NMR実験の詳細Text: THE INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS WERE DERIVED FROM 2-D NOE BUILD UP EXPERIMENTS RECORDED AT 50, 90, 150, AND 90 AND 135 MIXING TIME FOR EXCHANGEABLE PROTONS 200 MS MIXING TIME FOR NON- ...Text: THE INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS WERE DERIVED FROM 2-D NOE BUILD UP EXPERIMENTS RECORDED AT 50, 90, 150, AND 90 AND 135 MIXING TIME FOR EXCHANGEABLE PROTONS 200 MS MIXING TIME FOR NON-EXCHANGEABLE PROTONS AND AT 600 MHZ

-
試料調製

詳細内容: 100% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.35 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VARIAN UNITY PLUS / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN UNITY PLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMIC / ソフトェア番号: 1
詳細: TWENTY STARTING STRUCTURES WERE GENERATED BY METRICMATRIX DISTANCE GEOMETRY (FROM X-PLOR) AND WERE SUBSEQUENTLY REFINED BY DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING A SET OF INTER-PROTON ...詳細: TWENTY STARTING STRUCTURES WERE GENERATED BY METRICMATRIX DISTANCE GEOMETRY (FROM X-PLOR) AND WERE SUBSEQUENTLY REFINED BY DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING A SET OF INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM THE 2-D NMR DATA SETS. NINE FIN AL NMR-DISTANCE REFINED STRUCTURES WERE SELECTED BASED ON THE CRITERION OF LOW TOTAL ENERGY AND LOW RESTRAINTS VIOLATIONS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST NOE, VDW, AND BOND ANGLE VIOLATION, LEAST TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る