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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ar8 | ||||||
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タイトル | The structure of tryptophan 7-halogenase (PrnA)suggests a mechanism for regioselective chlorination | ||||||
![]() | tryptophan halogenase PrnA | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / tryptophan 7-halogenase / flavin-dependent halogenase / helical bundle / sandwiched sheets / Structural Genomics / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan 7-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / Van Pee, K.H. / Naismith, J.H. / Scottish Structural Proteomics Facility (SSPF) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tryptophan 7-halogenase (PrnA) structure suggests a mechanism for regioselective chlorination. 著者: Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / van Pee, K.H. / Naismith, J.H. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and X-ray diffraction of a halogenating enzyme, tryptophan 7-halogenase, from Pseudomonas fluorescens 著者: Dong, C. / Kotzsch, A. / Dorward, M. / Van Pee, K.H. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 724.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 728.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61146.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-CTE / |
#4: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG20000, 0.1M Mes pH6.5, 20mM 7-chlorotryptophan, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→54.4 Å / Num. obs: 33547 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3.1 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured obs: 4744 / Num. unique all: 4744 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AQJ 解像度: 2.2→54.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.518 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.882 Å / Origin y: 6.675 Å / Origin z: 20.117 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |