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- PDB-2aq0: Solution structure of the human homodimeric dna repair protein XPF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aq0
タイトルSolution structure of the human homodimeric dna repair protein XPF
要素DNA repair endonuclease XPF
キーワードDNA REPAIR (DNA修復) / HYDROLASE (加水分解酵素) / nmr spectroscopy (核磁気共鳴分光法)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-stranded telomeric DNA binding / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / negative regulation of telomere maintenance / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair complex / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates ...negative regulation of double-stranded telomeric DNA binding / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / negative regulation of telomere maintenance / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair complex / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / 紫外線 / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / TFIID-class transcription factor complex binding / response to UV / telomere maintenance / DNA endonuclease activity / regulation of autophagy / promoter-specific chromatin binding / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Dual incision in TC-NER / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XPF / : / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair endonuclease XPF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics; simulated annealing
データ登録者Das, D. / Tripsianes, K. / Folkers, G. / Jaspers, N.G. / Hoeijmakers, J.H. / Kaptein, R. / Boelens, R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The HhH domain of the human DNA repair protein XPF forms stable homodimers
著者: Das, D. / Tripsianes, K. / Jaspers, N.G. / Hoeijmakers, J.H. / Kaptein, R. / Boelens, R. / Folkers, G.
履歴
登録2005年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair endonuclease XPF
B: DNA repair endonuclease XPF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4612
ポリマ－18,4612
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #20lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA repair endonuclease XPF / E.C.3.1.-.- / DNA excision repair protein ERCC-4 / DNA-repair protein complementing XP-F cell / Xeroderma ...DNA excision repair protein ERCC-4 / DNA-repair protein complementing XP-F cell / Xeroderma pigmentosum group F complementing protein


分子量: 9230.518 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 823-905 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC4, ERCC11, XPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92889, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1313D-(H)NCH NOESY HSQC
1412D-15N-separated-(13c)aromatic (1H-1H)NOESY
NMR実験の詳細Text: sturcture determined using combined triple resonance and 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細内容: 1.2MM XPF U-15N,13C; 10mM phosphate; 400mM sodium chloride; 92 % h2o, 8% d2o
溶媒系: 92% H2O, 8% D2O
試料状態イオン強度: 400mM NaCl / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 293.6 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5brukercollection
NMRPipe2.3f. delaglio解析
CYANA2P. guntert構造決定
Sparky3.11T.D. Goddard and D.G. Knellerデータ解析
CNSA. brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics; simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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