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万見
- PDB-2ao7: Adam10 Disintegrin and cysteine- rich domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ao7
タイトルAdam10 Disintegrin and cysteine- rich domain
要素ADAM 10
キーワードHYDROLASE / Extracellular / protease / Disintegrin
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of the extracellular matrix / ADAM10 endopeptidase / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of cell adhesion / clathrin-coated vesicle / Neutrophil degranulation / Golgi-associated vesicle / amyloid precursor protein catabolic process ...Degradation of the extracellular matrix / ADAM10 endopeptidase / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of cell adhesion / clathrin-coated vesicle / Neutrophil degranulation / Golgi-associated vesicle / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / Notch signaling pathway / synaptic membrane / adherens junction / protein processing / metalloendopeptidase activity / SH3 domain binding / metallopeptidase activity / endopeptidase activity / in utero embryonic development / axon / Golgi membrane / protein phosphorylation / dendrite / protein kinase binding / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ADAM10, cysteine-rich domain / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin ...: / ADAM10, cysteine-rich domain / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Janes, P.W. / Saha, N. / Barton, W.A. / Kolev, M.V. / Wimmer-Kleikamp, S.H. / Nievergall, E. / Blobel, C.P. / Himanen, J.-P. / Lackmann, M. / Nikolov, D.B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Adam meets Eph: an ADAM substrate recognition module acts as a molecular switch for ephrin cleavage in trans.
著者: Janes, P.W. / Saha, N. / Barton, W.A. / Kolev, M.V. / Wimmer-Kleikamp, S.H. / Nievergall, E. / Blobel, C.P. / Himanen, J.-P. / Lackmann, M. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2005年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADAM 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0633
ポリマ－20,8711
非ポリマー1922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: ADAM 10
ヘテロ分子

A: ADAM 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1266
ポリマ－41,7412
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_555-z+3/4,-y+3/4,-x+3/41
Buried area2750 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.780, 146.780, 146.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 ADAM 10 / A disintegrin and metalloproteinase domain 10 / Mammalian disintegrin-metalloprotease / Myelin- ...A disintegrin and metalloproteinase domain 10 / Mammalian disintegrin-metalloprotease / Myelin-associated metalloproteinase / Kuzbanian protein homolog


分子量: 20870.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADAM10, MADM / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q10741, ADAM10 endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG 4000, soaked in 1 mM AuCl and 20% glycerol (cryoprotectant) , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.034, 0.9789, 1.016
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0341
20.97891
31.0161
反射解像度: 2.9→8 Å / Num. obs: 11118 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.289 544 random
Rwork0.261 --
obs-10100 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1099 0 10 0 1109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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