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- PDB-2anb: Crystal Structure Of Oligomeric E.coli Guanylate Kinase In Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2anb
タイトルCrystal Structure Of Oligomeric E.coli Guanylate Kinase In Complex With GMP
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE / GMP kinase / guanylate kinase / oligomeric
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase / GMP kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hible, G. / Renault, L. / Schaeffer, F. / Christova, P. / Radulescu, A.Z. / Evrin, C. / Gilles, A.M. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Calorimetric and crystallographic analysis of the oligomeric structure of Escherichia coli GMP kinase
著者: Hible, G. / Renault, L. / Schaeffer, F. / Christova, P. / Radulescu, A.Z. / Evrin, C. / Gilles, A.M. / Cherfils, J.
履歴
登録2005年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0853
ポリマ－23,6261
非ポリマー4592
水21612
1
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,51018
ポリマ－141,7546
非ポリマー2,75612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
手法PQS
2
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子

A: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1706
ポリマ－47,2512
非ポリマー9194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area5140 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.728, 106.728, 155.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

HOH

詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF A MONOMER. The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the 5 operations: 1:matrix= ( -0.50000 -0.86603 0.00000 ) ( 0.86603 -0.50000 0.00000 ) ( 0.00000 0.00000 1.00000 ) translation= ( 106.72798 -0.00010 0.00001 ) 2: matrix= ( -0.50000 0.86603 0.00000 ) ( -0.86603 -0.50000 0.00000 ) ( 0.00000 0.00000 1.00000 ) translation= ( 53.36393 92.42904 -0.00008 ) 3:matrix= ( -0.50000 0.86602 0.00000 ) ( 0.86602 0.50000 0.00000 ) ( 0.00000 0.00000 -1.00000 ) translation= ( 53.36408 -30.80985 103.51692 ) 4:matrix= ( -0.50000 -0.86603 0.00000 ) ( -0.86603 0.50000 0.00000 ) ( 0.00000 0.00000 -1.00000 ) translation= ( 106.72797 61.61937 103.51704 ) 5:matrix= ( 1.00000 0.00000 0.00000 ) ( 0.00000 -1.00000 0.00000 ) ( 0.00000 0.00000 -1.00000 ) translation= ( 0.00000 61.61900 103.51700 )

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要素

#1: タンパク質 Guanylate kinase / GMP kinase


分子量: 23625.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: gmk / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLI5 / 参照: UniProt: P60546, guanylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.2M lithium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19 Å / Num. all: 7689 / Num. obs: 7689 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 67.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 553 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AN9

2an9


解像度: 2.9→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 15.365 / SU ML: 0.28 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.004 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24181 368 4.8 %RANDOM
Rwork0.20338 ---
all0.20509 7354 --
obs0.20509 7354 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 29 12 1691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.9632314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79233550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7335205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3541.51025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71721649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1323684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0664.5665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 27 -
Rwork0.245 526 -
obs-553 99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7248-0.3222-0.53913.681-1.22382.2221-0.40630.1270.12080.2739-0.0260.0753-0.2068-0.24250.43230.0438-0.03860.01980.3361-0.1920.153634.30730.60662.019
29.58-2.3266-3.346411.53421.19167.1559-1.177-1.6744-0.94261.33040.7602-0.4990.70630.3360.41680.36430.27070.21940.54060.09040.219331.55922.66381.839
312.2742-1.11.73031.5025-0.48468.465-0.8985-0.7161-2.2680.84130.07840.30791.2405-0.0940.82010.4806-0.04180.56990.2212-0.03541.031240.0618.00970.188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 352 - 35
2X-RAY DIFFRACTION1AA87 - 12787 - 127
3X-RAY DIFFRACTION1AA159 - 207159 - 207
4X-RAY DIFFRACTION2AA36 - 8636 - 86
5X-RAY DIFFRACTION2AC - B301 - 302
6X-RAY DIFFRACTION3AA128 - 158128 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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