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万見
- PDB-2ams: Structure of the oxidized Hipip from thermochromatium tepidum at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ams
タイトルStructure of the oxidized Hipip from thermochromatium tepidum at 1.4 angstrom resolution
要素High potential iron-sulfur protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / iron-sulfur protein
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulphur protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / High-potential iron-sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hunsicker-Wang, L.M. / Han, W. / Stout, C.D. / Noodleman, L. / Fee, J.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Geometric factors determine, in part, the electronic state of the 4Fe-4S cluster of Hipip from thermochromtium tepidum: a geomteric, crystallographic, and theoretical study.
著者: Hunsicker-Wang, L.M. / Han, W. / Stout, C.D. / Noodleman, L. / Fee, J.A.
履歴
登録2005年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年9月9日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_conn / struct_site
Item: _struct.title / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id ..._struct.title / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN AUTHOR STATES THAT THE OXIDATION STATE OF THE 4FE-4S CLUSTER IS TO BE VERIFIED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High potential iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4305
ポリマ－8,7941
非ポリマー6364
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.460, 46.550, 59.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 High potential iron-sulfur protein / HiPIP


分子量: 8793.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: hip / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80176
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, NaCl, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→36.55 Å / Num. all: 11907 / Num. obs: 11907 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.65 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.5 / Scaling rejects: 421
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / % possible obs: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 64 / Χ2: 0.47 / % possible all: 14.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1IUA

1iua


解像度: 1.4→36.55 Å / Num. parameters: 3008 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 2197 -RANDOM
Rwork0.1566 ---
all0.1572 11710 --
obs0.1572 11710 83.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 11.921 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→36.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数616 0 24 78 718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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