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- PDB-1iua: Ultra-high resolution structure of HiPIP from Thermochromatium tepidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iua
タイトルUltra-high resolution structure of HiPIP from Thermochromatium tepidum
要素High-potential iron-sulfur protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / HiPIP
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulphur protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / High-potential iron-sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.8 Å
データ登録者Liu, L. / Nogi, T. / Kobayashi, M. / Nozawa, T. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Ultrahigh-resolution structure of high-potential iron-sulfur protein from Thermochromatium tepidum.
著者: Liu, L. / Nogi, T. / Kobayashi, M. / Nozawa, T. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: CRYSTAL STRUCTURES OF PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER AND HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN FROM THERMOCHROMATIUM TEPIDUM: THERMOSTABILITY AND ELECTRON TRANSFER
著者: Nogi, T. / Fathir, I. / Kobayashi, M. / Nozawa, T. / Miki, K.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN FROM THERMOCHROMATIUM TEPIDUM
著者: Nogi, T. / Kobayashi, M. / Nozawa, T. / Miki, K.
履歴
登録2002年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年1月23日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High-potential iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4345
ポリマ－8,7941
非ポリマー6404
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.697, 58.272, 23.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 High-potential iron-sulfur protein


分子量: 8793.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: P80176
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.17 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.7M A/S, 0.05M Sodium Citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.2K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris-HCl1droppH8.0
21.4 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月25日
放射モノクロメーター: undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.8→50 Å / Num. all: 65310 / Num. obs: 64373 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 0.8→0.81 Å / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最低解像度: 5 Å / Num. measured all: 823255 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 % / Num. unique obs: 3094 / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.74

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.8→20 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: No restraint for the last full-matrix refinement
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.1141 2842 random
all0.1011 60959 -
obs0.0916 52278 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 23 100 765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONrmsd bonds0.016
X-RAY DIFFRACTIONrmsd angles2
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.101
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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