PDB-2aml: Crystal structure of Lmo0035 protein (46906266) from LISTERIA MON...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aml

タイトル

Crystal structure of Lmo0035 protein (46906266) from LISTERIA MONOCYTOGENES 4b F2365 at 1.50 A resolution

要素

SIS domain protein

キーワード

TRANSFERASE / 46906266 / Lmo0035 protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Lmo0035 protein (46906266) from Listeria Monocytogenes 4b F2365 at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aml.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aml.ent.gz	141.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/2aml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/2aml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2zj3-1 1h1m-1 1juh-1 6smo-2 3c3j-2 2nya-1 1gqh-1 2gfx-1 1ox0-1 5k85-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358817

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SIS domain protein

B: SIS domain protein

ヘテロ分子

85.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.315, 101.397, 120.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 361 / Label seq-ID: 13 - 373

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	SIS domain protein 分子量: 42409.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: 4b F2365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4EK90
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 5.6 詳細: 15.0% Glycerol, 0.17M NH4OAc, 25.5% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97932, 0.90497

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月3日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97932	1
2	0.90497	1

反射

解像度: 1.5→29.46 Å / Num. obs: 110766 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.406

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0013	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.173 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.168	5535	5 %	RANDOM
R_work	0.14	-	-	-
obs	-	105143	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5708	0	26	1059	6793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.963	8051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.015	3	9637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.96	5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.852	24.389	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.525	15	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.373	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.24	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.076	1.5	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.295	1.5	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.418	2	5935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.345	3	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.334	4.5	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4631 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.31	5
loose thermal	1.22	10

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	448	-
R_work	0.198	7621	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3478	-0.0171	0.0274	0.3686	0.0414	0.5509	-0.0106	0.0521	-0.0493	-0.0081	-0.0146	0.0351	0.0332	-0.0303	0.0253	-0.1629	0.0011	0.0017	-0.1417	-0.0233	-0.1395	42.803	43.692	7.015
2	0.331	-0.0488	0.0222	0.499	0.0888	0.6957	-0.0158	0.0171	0.0217	0.0053	-0.0127	0.0129	-0.1314	-0.0062	0.0285	-0.1324	-0.0043	-0.0088	-0.1581	-0.0046	-0.1562	49.112	65.165	24.413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-4 - 361	8 - 373
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 361	13 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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