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- PDB-2ami: Solution Structure Of The Calcium-loaded N-Terminal Sensor Domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ami
タイトルSolution Structure Of The Calcium-loaded N-Terminal Sensor Domain Of Centrin
要素Caltractin
キーワードCELL CYCLE / Four-Helix Bundle / Calcium Sensor / EF-Hand Calcium Binding Protein / Calmodulin / Centrin
機能・相同性
機能・相同性情報


inner dynein arm / dynein heavy chain binding / cell division / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Hu, H.T. / Fagan, P.A. / Bunick, C.G. / Sheehan, J.H. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the N-terminal calcium sensor domain of centrin reveals the biochemical basis for domain-specific function.
著者: Sheehan, J.H. / Bunick, C.G. / Hu, H. / Fagan, P.A. / Meyn, S.M. / Chazin, W.J.
履歴
登録2005年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年1月22日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caltractin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8171
ポリマ－10,8171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Caltractin / Centrin / 20 kDa calcium-binding protein


分子量: 10817.403 Da / 分子数: 1 / 断片: N-Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P05434

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-NOESY-HSQC
1333D 13C-NOESY-HSQC
1434D 13C-HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2mM Centrin unlabeled; 25mM Tris-d11, 5-10mM CaCl2, pH 7.0; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21-2mM Centrin U-15N; 25mM Tris-d11, 5-10mM CaCl2, pH 7.0; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31-2mM Centrin U-13C; 25mM Tris-d11, 5-10mM CaCl2, pH 7.0; 100% D2O100% D2O
41-2mM Centrin U-15N,13C; 25mM Tris-d11, 5-10mM CaCl2, pH 7.0; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
51-2mM Centrin 10%-13C; 25mM Tris-d11, 5-10mM CaCl2, pH 7.0; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 5-10mM CaCl2 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Accelrys解析
SANE1Duggan, B.M.解析
DYANA1.5Guntert P.構造決定
Amber7Pearlman, D.A.精密化
XwinNMR2.6Brukercollection
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1248 experimentally derived NMR restraints (1108 NOE-based distance restraints, 24 hydrogen bond distance restraints, 116 backbone torsion angle restraints) were used in the structure calculations.
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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