PDB-2akk: Solution structure of phnA-like protein rp4479 from Rhodopseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2akk

タイトル

Solution structure of phnA-like protein rp4479 from Rhodopseudomonas palustris

要素

phnA-like protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta-strand protein / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP

機能・相同性

Protein YjdM / Protein YjdM, C-terminal / PhnA domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / PhnA-like protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wu, B. / Yee, A. / Ramelot, T.A. / Semesi, A. / Lemak, A. / Kennedy, M. / Edward, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of phnA-like protein rp4479 from Rhodopseudomonas palustris
著者: Wu, B. / Yee, A. / Ramelot, T.A. / Semesi, A. / Lemak, A. / Kennedy, M. / Edward, A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2005年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2akk.cif.gz	449.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2akk.ent.gz	377.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2akk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2akk_validation.pdf.gz	532.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2akk_full_validation.pdf.gz	679.7 KB	表示
XML形式データ	2akk_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	2akk_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2akk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2akk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1h75-d 1wm2-d 3off-d 3b4q-2 1trf-d 2zeq-d 1itp-d 2mle-d 2w4c-d 1u4a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6746 TargetDB: RPT1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: phnA-like protein

8.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質	phnA-like protein / rp4479 分子量: 8091.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: CGA009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N1A7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	4D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM rp4479, U-15N,13C: 450 mM NaCl, 25 mM Na2PO4, 1mM Benzamidine, 1xinhibitor cooktail, 0.01% NAN3, 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 450 mM NaCl, 25 mM Phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambinet / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.3	Delaglio, F.	解析
CYANA	2.1	Gunter, P.	構造決定
CNS	1	Brunger, A.T. et al	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1500 NOE-derived distance restraints and 75 torsion angle restraints

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)