+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ak7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | structure of a dimeric P-Ser-Crh | ||||||
要素 | HPr-like protein crh | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Crh / P-Crh | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / : / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chaptal, V. / Gueguen-Chaignon, V. / Poncet, S. / Lecampion, C. / Lariviere, L. / Meyer, P. / Galinier, A. / Deutscher, J. / Nessler, S. / Morera, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: X-ray structure of a domain-swapped dimer of Ser46-phosphorylated Crh from Bacillus subtilis. 著者: Chaptal, V. / Lariviere, L. / Gueguen-Chaignon, V. / Galinier, A. / Nessler, S. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ak7.cif.gz | 48.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ak7.ent.gz | 34.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ak7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ak7_validation.pdf.gz | 451.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2ak7_full_validation.pdf.gz | 452.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ak7_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ak7_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2ak7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2ak7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1mu4S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer in the asymetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9529.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: crh / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O06976 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 4000, Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月13日 |
放射 | モノクロメーター: 0.98 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 19078 / Num. obs: 19067 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1850 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MU4 解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|