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万見
- PDB-2aih: 1H-NMR solution structure of a trypsin/chymotrypsin Bowman-Birk i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aih
タイトル1H-NMR solution structure of a trypsin/chymotrypsin Bowman-Birk inhibitor from Lens culinaris.
要素Bowman-Birk type protease inhibitor, LCTI
キーワードHYDROLASE / trypsin/chymotrypsin Bowman-Birk inhibitor / two-strands beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bowman-Birk type proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Lens culinaris (マメ科)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation energy minimization
データ登録者Ragg, E.M. / Galbusera, V. / Scarafoni, A. / Negri, A. / Tedeschi, G. / Consonni, A. / Sessa, F. / Duranti, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2006
タイトル: Inhibitory properties and solution structure of a potent Bowman-Birk protease inhibitor from lentil (Lens culinaris, L) seeds.
著者: Ragg, E.M. / Galbusera, V. / Scarafoni, A. / Negri, A. / Tedeschi, G. / Consonni, A. / Sessa, F. / Duranti, M.
履歴
登録2005年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE According to authors, the Glu at position 110 in the sequence database is missing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bowman-Birk type protease inhibitor, LCTI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,86112
ポリマ－7,4711
非ポリマー39011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 52back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Bowman-Birk type protease inhibitor, LCTI / Trypsin/chymotrypsin inhibitor


分子量: 7471.454 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 43-109 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lens culinaris (マメ科) / 株: Macrosperma group / 組織: Seeds / 参照: UniProt: Q8W4Y8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
2212D TOCSY
3312D TOCSY
4412D TOCSY
5512D TOCSY
3622D TOCSY
3712D NOESY
381DQF-COSY
392DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: NOESY experiments were performed at 298 K at three different mixing times (0.080s, 0.120s, 0.350s) for distance restraints calculations and cross-peak volume measurements

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM LCTI, unbuffered solution, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM LCTI, unbuffered solution, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
13 mM 3.0 ambient 288 K
23 mM 3.0 ambient 293 K
33 mM 3.0 ambient 298 K
43 mM 3.0 ambient 303 K
55 mM 4.2 ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6collection
XwinNMR2.6解析
Sparky3.106Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
X-PLOR3.1851Brunger, A.T.精密化
X-PLOR3.1851Brunger, A.T.iterative matrix relaxation
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2745 restraints, of which 632 are NOE-derived distance constraints for the initial stage of Simulated Annealing, 2068 are NOESY-derived cross-peak ...詳細: the structures are based on a total of 2745 restraints, of which 632 are NOE-derived distance constraints for the initial stage of Simulated Annealing, 2068 are NOESY-derived cross-peak volumes for final refinement, 29 vicinal coupling constants restraints, 16 distance restraints for hydrogen bond definitions; The chloride atoms at the end of each model were added during the refinement stage of restrained energy minimization to reduce overall charge. Positions are not experimentally determined but are a result of calculations
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 52 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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