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万見
- PDB-2ai1: Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ai1
タイトルPurine nucleoside phosphorylase from calf spleen
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / multisubstrate analog inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / Chem-P1G / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Toms, A.V. / Wang, W. / Li, Y. / Ganem, B. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Novel multisubstrate inhibitors of mammalian purine nucleoside phosphorylase.
著者: Toms, A.V. / Wang, W. / Li, Y. / Ganem, B. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Calf Spleen Purine Nucleoside Phosphorylase Complexed with Substrates and Substrate Analogs.
著者: Mao, C. / Cook, W.J. / Zhou, M. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C. / Ealick, S.E.
履歴
登録2005年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7295
ポリマ－32,1281
非ポリマー6014
水2,360131
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,18615
ポリマ－96,3833
非ポリマー1,80312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_656-z+3/2,-x,y+3/21
crystal symmetry operation10_536-y,z-3/2,-x+3/21
Buried area9640 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area29950 Å2
手法PISA, PQS
2
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,18615
ポリマ－96,3833
非ポリマー1,80312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area6110 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area33770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.952, 93.952, 93.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-291-

ZN

21A-292-

144

31A-292-

144

41A-2126-

HOH

51A-2127-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / Inosine phosphorylase / PNP


分子量: 32127.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: calf spleen purine nucleoside phosphorylase purchased from Sigma Co.
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: spleen / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#5: 化合物 ChemComp-P1G / ((2R,4R,6R,6AS)-4-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDROPURIN-9-YL)-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXOL-2-YL)METHYLPHOSPHONIC ACID / GUANOSINE-2',3'-O-ETHYLIDENEPHOSPHONATE


分子量: 389.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N5O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG2K MME, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 18969 / Num. obs: 18773 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 1854 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1A9P

1a9p


解像度: 2→38.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 455844.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 886 4.7 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 18969 --
obs0.212 18773 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4238 Å2 / ksol: 0.360109 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2110 0 36 131 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 144 4.8 %
Rwork0.243 2872 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4tris.paramtris.top
X-RAY DIFFRACTION5p1g.paramp1g.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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