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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ahn | ||||||
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タイトル | High resolution structure of a cherry allergen Pru av 2 | ||||||
![]() | Thaumatin-like protein | ||||||
![]() | ALLERGEN / Thaumatin-like protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / IgE binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dall'Antonia, Y. / Pavkov, T. / Fuchs, H. / Breiteneder, H. / Keller, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The high-resolution crystal structure of an allergenic thaumatin-like protein, Pru av 2, isolated from ripe cherries 著者: Dall'Antonia, Y. / Pavkov, T. / Fuchs, H. / Breiteneder, H. / Keller, W. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary structure determination of the plant food allergen Pru av 2 著者: Dall'Antonia, Y. / Pavkov, T. / Fuchs, H. / Breiteneder, H. / Keller, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1thvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23347.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 3.5 詳細: PEG 3350, citric acid, pH 3.5, Microbatch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8126 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→16.69 Å / Num. obs: 49825 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.417 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. measured obs: 2457 / Χ2: 1.489 / % possible all: 100 |
-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.554 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.234
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1THV 解像度: 1.3→16.69 Å / Num. parameters: 17049 / Num. restraintsaints: 21079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.535 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→16.69 Å
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拘束条件 |
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