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万見
- PDB-2agp: Fidelity of Dpo4: effect of metal ions, nucleotide selection and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2agp
タイトルFidelity of Dpo4: effect of metal ions, nucleotide selection and pyrophosphorolysis
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*(DOC)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / base stacking / fidelity / metal ion / mismatch / pyrophosphorolysis / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ling, H. / Yang, W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Fidelity of Dpo4: effect of metal ions, nucleotide selection and pyrophosphorolysis.
著者: Vaisman, A. / Ling, H. / Woodgate, R. / Yang, W.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年2月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*(DOC)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*(DOC)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,54515
ポリマ－96,3296
非ポリマー1,2169
水13,277737
1
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*(DOC)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
A: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7607
ポリマ－48,1643
非ポリマー5964
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*(DOC)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7858
ポリマ－48,1643
非ポリマー6205
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.867, 101.463, 105.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*(DOC)-3')


分子量: 4080.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5064.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 39019.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: dbh, dpo4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 4種, 746分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月29日
放射モノクロメーター: Osmicfocusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 22606 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.071 / D res high: 2.9 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 93.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
6.233089.510.0260.828
4.956.2393.310.0410.917
4.334.9594.510.0440.891
3.934.339510.0591.09
3.653.9394.710.1031.663
3.443.6594.910.1221.462
3.273.4495.210.1521.173
3.123.2794.510.1880.997
33.1292.610.2860.892
2.9391.510.3540.784
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 22606 / % possible obs: 93.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.071
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2
2.9-391.50.35421670.784
3-3.1292.60.28621790.892
3.12-3.2794.50.18822640.997
3.27-3.4495.20.15222641.173
3.44-3.6594.90.12222731.462
3.65-3.9394.70.10322691.663
3.93-4.33950.05922861.09
4.33-4.9594.50.04422900.891
4.95-6.2393.30.04122990.917
6.23-3089.50.02623150.828

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1121 4.7 %random
Rwork0.207 ---
all0.207 23946 --
obs0.207 22411 93.6 %-
溶媒の処理Bsol: 28.903 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 61.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.343 Å20 Å20 Å2
2--5.805 Å20 Å2
3----4.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5488 1212 69 737 7506
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4dGTP.par
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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