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万見
- PDB-2afp: THE SOLUTION STRUCTURE OF TYPE II ANTIFREEZE PROTEIN REVEALS A NE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2afp
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF TYPE II ANTIFREEZE PROTEIN REVEALS A NEW MEMBER OF THE LECTIN FAMILY
要素PROTEIN (SEA RAVEN TYPE II ANTIFREEZE PROTEIN)
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / RECOMBINANT SEA RAVEN PROTEIN / SOLUTION BACKBONE FOLD / C-TYPE LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Type-2 ice-structuring protein / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...Type-2 ice-structuring protein / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-2 ice-structuring protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hemitripterus americanus (魚類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gronwald, W. / Loewen, M.C. / Lix, B. / Daugulis, A.J. / Sonnichsen, F.D. / Davies, P.L. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The solution structure of type II antifreeze protein reveals a new member of the lectin family.
著者: Gronwald, W. / Loewen, M.C. / Lix, B. / Daugulis, A.J. / Sonnichsen, F.D. / Davies, P.L. / Sykes, B.D.
履歴
登録1998年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SEA RAVEN TYPE II ANTIFREEZE PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0031
ポリマ－14,0031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 50GLOBAL ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SEA RAVEN TYPE II ANTIFREEZE PROTEIN)


分子量: 14002.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SIX AMINO ACID HIS TAG WAS ADDED AT THE C-TERMINAL END TO FACILITATE RECOVERY OF THE SECRETED AFP FROM THE MEDIUM USING AFFINITY CHROMATOGRAPHY.
由来: (組換発現) Hemitripterus americanus (魚類) / 器官: BLOOD / プラスミド: PPIC9-SRM-CTHT / 遺伝子 (発現宿主): SRAFP GENE / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P05140
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D-TOCSY
1312D-NOESY
1413D-TOCSY-HSQC
1513D-NOESY-HSQC
1613D HNHA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO AND THREE DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON 15N-LABELED AND ON THE NATIVE SEA RAVEN ANTIFREEZE.

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試料調製

試料状態pH: 5.6 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY600 AND UNITYPLUS600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY600 AND UNITYPLUS600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
VNMR構造決定
NMRPipe構造決定
PIPP構造決定
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: IN THE CURRENT STRUCTURES ONLY THE GLOBAL FOLD OF THE MOLECULE IS PRESENTED. REFINED HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURES ARE NOT AVAILABLE AT THE MOMENT.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: GLOBAL ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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