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万見
- PDB-2aew: A model for growth hormone receptor activation based on subunit r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aew
タイトルA model for growth hormone receptor activation based on subunit rotation within a receptor dimer
要素Growth hormone receptor
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / HORMONE-GROWTH FACTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to nutrient levels / growth hormone receptor activity / growth hormone receptor complex / taurine metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process / proline-rich region binding / growth hormone receptor signaling pathway / response to food ...regulation of response to nutrient levels / growth hormone receptor activity / growth hormone receptor complex / taurine metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process / proline-rich region binding / growth hormone receptor signaling pathway / response to food / growth factor binding / response to cycloheximide / response to gravity / Prolactin receptor signaling / cytokine binding / positive regulation of MAP kinase activity / peptide hormone binding / regulation of multicellular organism growth / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / hormone-mediated signaling pathway / SH2 domain binding / response to interleukin-1 / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to glucocorticoid / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / receptor internalization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to insulin stimulus / endocytosis / cytokine-mediated signaling pathway / response to estradiol / protein phosphatase binding / receptor complex / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / protein kinase binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth hormone-binding protein / Growth hormone receptor binding / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Growth hormone-binding protein / Growth hormone receptor binding / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Adams, J.J. / McKinstry, W.J. / Parker, M.W. / Waters, M.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Model for growth hormone receptor activation based on subunit rotation within a receptor dimer.
著者: Brown, R.J. / Adams, J.J. / Pelekanos, R.A. / Wan, Y. / McKinstry, W.J. / Palethorpe, K. / Seeber, R.M. / Monks, T.A. / Eidne, K.A. / Parker, M.W. / Waters, M.J.
履歴
登録2005年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth hormone receptor
B: Growth hormone receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9022
ポリマ－47,9022
非ポリマー00
水66737
1
A: Growth hormone receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9511
ポリマ－23,9511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Growth hormone receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9511
ポリマ－23,9511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.720, 112.167, 93.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Growth hormone receptor


分子量: 23950.900 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 29-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10912
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.717882 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.744179 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月7日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
Reflection数: 14626 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.034 / D res high: 2.7 Å / D res low: 20 Å / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.772099.710.0511.025
4.65.7799.910.0521.014
4.034.610010.0581.042
3.664.0310010.0751.043
3.43.6610010.0851.068
3.23.410010.1061.04
3.043.210010.1491.035
2.913.0410010.2231.038
2.82.9199.910.291.01
2.72.897.810.3241.011
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 14626 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 70 % / Biso Wilson estimate: 53.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 1421 / Num. unique all: 1421 / Χ2: 1.011 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GHR

1ghr


解像度: 2.7→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 2149056 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 721 5 %RANDOM
Rwork0.257 ---
all0.262 14626 --
obs0.262 14626 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.499 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.25 Å20 Å20 Å2
2---13.08 Å20 Å2
3---9.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2990 0 0 37 3027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 110 4.7 %
Rwork0.34 2220 -
all-2330 -
obs--97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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