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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aeb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human arginase I at 1.29 A resolution and exploration of inhibition in immune response. | ||||||
要素 | Arginase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER / BORONIC ACID INHIBITOR / PERFECTLY TWINNED CRYSTAL / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / urea cycle / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / urea cycle / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.29 Å | ||||||
データ登録者 | Di Costanzo, L. / Sabio, G. / Mora, A. / Rodriguez, P.C. / Ochoa, A.C. / Centeno, F. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of human arginase I at 1.29 A resolution and exploration of inhibition in the immune response. 著者: Di Costanzo, L. / Sabio, G. / Mora, A. / Rodriguez, P.C. / Ochoa, A.C. / Centeno, F. / Christianson, D.W. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Human arginase II: crystal structure and physiological role in male and female sexual arousal 著者: Cama, E. / Colleluori, D.M. / Emig, F.A. / Shin, H. / Kim, S.W. / Kim, N.N. / Traish, A.M. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Arginase-Boronic Acid Complex Highlights a Physiological Role in Erectile Function 著者: Cox, J.D. / Kim, N.N. / Traish, A.M. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aeb.cif.gz | 244.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aeb.ent.gz | 196.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aeb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/2aeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/2aeb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % / 解説: DATA WERE SCALED AS SG P3. |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PegMME 5000, Bis Tris, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K, pH 7.10 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9124 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9124 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→50 Å / Num. obs: 150499 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.34 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1D3V 最高解像度: 1.29 Å 詳細: DUE TO POORLY DEFINED DENSITY, THE FOLLOWING RESIDUES: A5, A48 (NZ), A222 (SIDE CHAINS), B41 (SIDE CHAINS), B48 (SIDE CHAINS), B89 (NZ), B222 (SIDE CHAINS) AND B224 (SIDE CHAINS) HAVE BEEN ...詳細: DUE TO POORLY DEFINED DENSITY, THE FOLLOWING RESIDUES: A5, A48 (NZ), A222 (SIDE CHAINS), B41 (SIDE CHAINS), B48 (SIDE CHAINS), B89 (NZ), B222 (SIDE CHAINS) AND B224 (SIDE CHAINS) HAVE BEEN MODELED AT MINOR OCCUPANCY. BECAUSE PART OF A DISORDERED SIDE CHAINS, RESIDUES A83 AND B217 HAVE DISORDERED DENSITY. THEREFORE, HYDROGENS ARE NOT PLACED IN THE SIDECHAINS OF THESE TWO RESIDUE. REFINED TWIN FRACTIONS: 0.46. TWIN OPERATOR: -H, -K, L
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.29 Å
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拘束条件 |
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