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万見
- PDB-2ada: ATOMIC STRUCTURE OF ADENOSINE DEAMINASE COMPLEXED WITH A TRANSITI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ada
タイトルATOMIC STRUCTURE OF ADENOSINE DEAMINASE COMPLEXED WITH A TRANSITION-STATE ANALOG: UNDERSTANDING CATALYSIS AND IMMUNODEFICIENCY MUTATIONS
要素ADENOSINE DEAMINASE
キーワードHYDROLASE / AMINO / ZINC COFACTOR / BETA/ALPHA BARREL / TRANSITION-STATE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of mucus secretion / penile erection / positive regulation of germinal center formation / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen ...mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of mucus secretion / penile erection / positive regulation of germinal center formation / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / amide catabolic process / hypoxanthine biosynthetic process / germinal center B cell differentiation / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / AMP catabolic process / positive regulation of T cell differentiation in thymus / dATP catabolic process / negative regulation of leukocyte migration / mucus secretion / adenosine deaminase activity / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / allantoin metabolic process / embryonic digestive tract development / GMP salvage / IMP salvage / trophectodermal cell differentiation / response to purine-containing compound / positive regulation of smooth muscle contraction / Peyer's patch development / negative regulation of mature B cell apoptotic process / AMP salvage / negative regulation of thymocyte apoptotic process / germinal center formation / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / anchoring junction / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / leukocyte migration / thymocyte apoptotic process / lung alveolus development / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell proliferation / T cell differentiation / smooth muscle contraction / positive regulation of heart rate / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / liver development / placenta development / lung development / calcium-mediated signaling / positive regulation of T cell activation / negative regulation of inflammatory response / T cell receptor signaling pathway / T cell differentiation in thymus / in utero embryonic development / response to hypoxia / lysosome / cell adhesion / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosine deaminase / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXY-7,8-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE / Adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wilson, D.K. / Quiocho, F.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic structure of adenosine deaminase complexed with a transition-state analog: understanding catalysis and immunodeficiency mutations.
著者: Wilson, D.K. / Rudolph, F.B. / Quiocho, F.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallographic Observation of a Trapped Tetrahedral Intermediate in a Metalloenzyme
著者: Wilson, D.K. / Quiocho, F.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: A Pre-Transition-State Mimic of an Enzyme: X-Ray Structure of Adenosine Deaminase with Bound 1-Deazaadenosine
著者: Wilson, D.K. / Quiocho, F.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined 2.5 Angstroms Structure of the Murine Adenosine Deaminase at Ph 6.0
著者: Sharff, A.J. / Wilson, D.K. / Chang, Z.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Preliminary X-Ray Analysis of Crystals of Murine Adenosine Deaminase
著者: Wilson, D.K. / Rudolph, F.B. / Harrison, M.L. / Kellems, R.E. / Quiocho, F.A.
履歴
登録1994年12月2日処理サイト: BNL
置き換え1995年3月31日ID: 1ADA
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSINE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3813
ポリマ－40,0461
非ポリマー3362
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.360, 94.110, 72.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ADENOSINE DEAMINASE


分子量: 40045.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03958, adenosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HPR / 6-HYDROXY-7,8-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE


分子量: 270.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細COMPND LIGAND IS FORMED IN ENZYME ACTIVE SITE FROM PURINE RIBOSIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Wilson, D.K., (1988) J.Mol.Biol., 200, 613.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropKCl
350 mMsodium citrate1drop
47.5 %PEG60001drop
515 %PEG60001reservoir

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データ収集

反射Num. obs: 20445 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 72059 / Rmerge(I) obs: 0.0324

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.195 -
obs0.195 20445
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2792 0 20 58 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.366
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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