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万見
- PDB-2acx: Crystal Structure of G protein coupled receptor kinase 6 bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2acx
タイトルCrystal Structure of G protein coupled receptor kinase 6 bound to AMPPNP
要素G protein-coupled receptor kinase 6
キーワードTRANSFERASE / kINASE / g PROTEIN / grk / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE / grk6
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of signal transduction / Wnt signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / membrane ...G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of signal transduction / Wnt signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases ...GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / G protein-coupled receptor kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lodowski, D.T. / Tesmer, V.M. / Benovic, J.L. / Tesmer, J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structure of G Protein-coupled Receptor Kinase (GRK)-6 Defines a Second Lineage of GRKs.
著者: Lodowski, D.T. / Tesmer, V.M. / Benovic, J.L. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2005年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE DISCREPANCIES AT RESIDUES 60 AND 104 IN SWISS-PROT P43250 ARE DUE TO ERRORS IN THE ...SEQUENCE THE DISCREPANCIES AT RESIDUES 60 AND 104 IN SWISS-PROT P43250 ARE DUE TO ERRORS IN THE SEQUENCE, ACCORDING TO THE AUTHORS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein-coupled receptor kinase 6
B: G protein-coupled receptor kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,2728
ポリマ－132,0212
非ポリマー1,2516
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area47810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.164, 59.270, 221.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSSERSER2AA24 - 53224 - 532
21LYSLYSPROPRO2BB24 - 53524 - 535
12HOHHOHHOHHOH1AI580 - 585
22HOHHOHHOHHOH1BJ580 - 585
13LYSLYSARGARG4AA14 - 1614 - 16
23LYSLYSARGARG4BB14 - 1614 - 16
14ANPANPMGMG4AE - C577 - 578
24ANPANPMGMG4BH - F577 - 578

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 G protein-coupled receptor kinase 6 / G protein-coupled receptor kinase GRK6


分子量: 66010.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK6, GPRK6 / 細胞株 (発現宿主): Hi-9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P43250, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: peg 3350, MALIC ACID, sODIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, amppnp, ethylene glycol , pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月6日 / 詳細: Double crystal
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 44832 / Num. obs: 43666 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
Adxvdata processing
ELVESデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OMW (GRK2)

1omw


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 25.503 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.457 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24261 2317 5 %RANDOM
Rwork0.20175 ---
obs0.2039 43666 97.39 %-
all-45983 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-2.34 Å2
2--3.87 Å20 Å2
3----4.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7995 0 74 37 8106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228253
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.96611125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.921317412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5755979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94123.284402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.01151489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4441575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.27460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.23988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.25098
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9631.56298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1461.51987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12127916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79133899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7484.53209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
112857tight positional0.050.05
226tight positional0.090.05
114739medium positional0.460.5
3155medium positional0.610.5
4143medium positional0.240.5
112857tight thermal1.910
226tight thermal3.3410
114739medium thermal2.1915
3155medium thermal1.2315
4143medium thermal2.7715
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 148 -
Rwork0.329 2895 -
obs--89.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1234-0.87730.75981.9732-0.68013.0986-0.0617-0.2135-0.0550.04220.1005-0.0294-0.0327-0.0359-0.0388-0.22590.06640.0054-0.2533-0.0547-0.2511-12.902714.417735.6469
23.2937-0.35620.40351.3564-0.11383.1217-0.0922-0.4642-0.19110.14420.1652-0.02260.10470.2208-0.073-0.07010.19510.00580.20920.0627-0.17752.35292.638571.2468
32.67710.37621.56762.6194-1.3144.0561-0.081-0.07040.3289-0.0076-0.0405-0.049-0.42080.17150.1214-0.22080.0350.0169-0.4989-0.051-0.2194-19.880328.855611.7637
42.1898-0.58811.04673.60170.5174.57650.0913-0.661-0.21270.64720.0244-0.42290.16320.4895-0.11570.14470.1773-0.0760.83930.0528-0.058315.31381.406196.6519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA14 - 26614 - 266
2X-RAY DIFFRACTION1AA492 - 527492 - 527
3X-RAY DIFFRACTION1AG - C577 - 5781
4X-RAY DIFFRACTION1BB528 - 535528 - 535
5X-RAY DIFFRACTION1AI580 - 6091 - 30
6X-RAY DIFFRACTION2BB14 - 26614 - 266
7X-RAY DIFFRACTION2BB492 - 527492 - 527
8X-RAY DIFFRACTION2BH - D577 - 5781
9X-RAY DIFFRACTION2AA528 - 532528 - 532
10X-RAY DIFFRACTION2BJ580 - 5861 - 7
11X-RAY DIFFRACTION3AA267 - 474267 - 474
12X-RAY DIFFRACTION4BB267 - 473267 - 473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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