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万見
- PDB-2ack: ACETYLCHOLINESTERASE COMPLEXED WITH EDROPHONIUM, MONOCHROMATIC DATA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ack
タイトルACETYLCHOLINESTERASE COMPLEXED WITH EDROPHONIUM, MONOCHROMATIC DATA
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / CARBOXYLIC ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EDROPHONIUM ION / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Raves, M.L. / Sussman, J.L. / Harel, M. / Silman, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Static Laue diffraction studies on acetylcholinesterase.
著者: Ravelli, R.B. / Raves, M.L. / Ren, Z. / Bourgeois, D. / Roth, M. / Kroon, J. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Quaternary Ligand Binding to Aromatic Residues in the Active-Site Gorge of Acetylcholinesterase
著者: Harel, M. / Schalk, I. / Ehret-Sabatier, L. / Bouet, F. / Goeldner, M. / Hirth, C. / Axelsen, P.H. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Purification and Crystallization of a Dimeric Form of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica Subsequent to Solubilization with Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Varon, L. / Toker, L. / Futerman, A.H. / Silman, I.
履歴
登録1997年10月29日処理サイト: BNL
置き換え1998年2月11日ID: 1ACK
改定 1.01998年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年6月29日Group: Derived calculations
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9032
ポリマ－60,7371
非ポリマー1661
水4,540252
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,8064
ポリマ－121,4732
非ポリマー3322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area2870 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area35540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.409, 112.409, 136.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細TORPEDO CALIFONICA ACETYLCHOLINESTERASE IS A G2 DIMER IN SOLUTION (SEE SUSSMAN 1988). THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A MONOMER, WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATING THE TWO MONOMERS IN A DIMER.

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE


分子量: 60736.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-EDR / EDROPHONIUM ION / エドロホニウム


分子量: 166.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16NO / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 40 % PEG200, 100 MM MES, PH 5.8 AT 4 DEGREES C., temperature 277K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Raves, M.L., (1997) Nature Struct.Biol., 4, 57.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
138 %PEG2001reservoir
20.1 MMES1reservoir
312 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.3 Å / Num. obs: 38611 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 275832 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACE

2ace


解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1890 4.9 %RANDOM
obs0.213 38560 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4146 0 12 252 4410
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 38560
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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