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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ac7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Adenosine Phosphorylase from Bacillus cereus with adenosine bound in the active site | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / alpha/beta fold / adenosine / sulfate ion | ||||||
機能・相同性 | Nucleoside phosphorylase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Rinaldo-Matthis, A. / Allegrini, S. / Sgarrella, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Adenosine Phosphorylase from Bacillus cereus 著者: Rinaldo-Matthis, A. / Allegrini, S. / Sgarrella, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ac7.cif.gz | 106.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ac7.ent.gz | 81.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ac7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ac7_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ac7_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2ac7_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ac7_validation.cif.gz | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2ac7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2ac7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25700.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: G9241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 47554203, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9756 / 波長: 0.9756 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9756 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→15 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.393 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.758 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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