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万見
- PDB-2abz: Crystal structure of C19A/C43A mutant of leech carboxypeptidase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2abz
タイトルCrystal structure of C19A/C43A mutant of leech carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A
要素
  • Carboxypeptidase A1
  • Metallocarboxypeptidase inhibitor
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / inhibitor-metallocarboxypeptidase complex / LCI mutant / oxidative folding intermediate analog / hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase A / peptidase inhibitor activity / leukotriene metabolic process / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase inhibitor / Proteinase inhibitor I46, leech metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept ...Carboxypeptidase inhibitor / Proteinase inhibitor I46, leech metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase A1 / Metallocarboxypeptidase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Arolas, J.L. / Popowicz, G.M. / Bronsoms, S. / Aviles, F.X. / Huber, R. / Holak, T.A. / Ventura, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Study of a major intermediate in the oxidative folding of leech carboxypeptidase inhibitor: contribution of the fourth disulfide bond
著者: Arolas, J.L. / Popowicz, G.M. / Bronsoms, S. / Aviles, F.X. / Huber, R. / Holak, T.A. / Ventura, S.
#1: ジャーナル: NAT.STRUCT.MOL.BIOL. / 年: 2000
タイトル: Structure of a novel leech carboxypeptidase inhibitor determined free in solution and in complex with human carboxypeptidase A2
著者: Reverter, D. / Fernandez-Catalan, C. / Baumgartner, R. / Pfander, R. / Huber, R. / Bode, W. / Vendrell, J. / Holak, T.A. / Aviles, F.X.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: NMR structural characterization and computational predictions of the major intermediate in oxidative folding of leech carboxypeptidase inhibitor
著者: Arolas, J.L. / D'Silva, L. / Popowicz, G.M. / Aviles, F.X. / Holak, T.A. / Ventura, S.
履歴
登録2005年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase A1
B: Carboxypeptidase A1
C: Metallocarboxypeptidase inhibitor
D: Metallocarboxypeptidase inhibitor
E: Metallocarboxypeptidase inhibitor
F: Metallocarboxypeptidase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9078
ポリマ－98,7766
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.930, 124.930, 154.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase A1 / carboxypeptidase A / CPA / A/B metallocarboxypeptidase


分子量: 34721.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: P00730, carboxypeptidase A
#2: タンパク質
Metallocarboxypeptidase inhibitor / Leech carboxypeptidase inhibitor / LCI / inhibitor of A/B metallocarboxypeptidases


分子量: 7333.126 Da / 分子数: 4 / Mutation: C19A/C43A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / プラスミド: pBAT4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P81511
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M Lithium Sulfate monohydrate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

検出器日付: 2004年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 66322

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.1.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.234 3360 RANDOM
Rwork0.189 --
all0.192 65785 -
obs0.19 62741 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6502 0 2 0 6504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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