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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2abi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human mineralocorticoid receptor ligand-binding domain bound to deoxycorticosterone | ||||||
要素 | Mineralocorticoid receptor鉱質コルチコイド受容体 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / MINERALOCORTICOID RECEPTOR (鉱質コルチコイド受容体) / STEROID RECEPTO / NUCLEAR RECEPT / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATING MUTATION / HYPERTENSION (高血圧) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / steroid binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear receptor activity ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / steroid binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / zinc ion binding / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Huyet, J. / Pinon, G.-M. / Rochel, M. / Mayer, C. / Rafestin-Oblin, M.-E. / Fagart, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of the human mineralocorticoid receptor ligand-binding domain bound to deoxycorticosterone 著者: Huyet, J. / Pinon, G.-M. / Rochel, M. / Mayer, C. / Rafestin-Oblin, M.-E. / Fagart, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2abi.cif.gz | 160.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2abi.ent.gz | 126 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2abi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2abi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2abi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1y9rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29675.332 Da / 分子数: 3 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 変異: C910A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: UV20HL21-27 / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / プラスミド: PGEX / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS (DE3) RIL / 参照: UniProt: P08235 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.9 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PEG4000, HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 69 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97987 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→39.2 Å / Num. all: 28454 / Num. obs: 27439 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.192 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 2.03 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3846 / Rsym value: 0.636 / % possible all: 86.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 1Y9R 解像度: 2.33→39.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 385944.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.5321 Å2 / ksol: 0.361975 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→39.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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