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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a8u | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Galactosyltransferase (GTB) Complexed with Beta-Methyl Lactoside | |||||||||
![]() | ABO blood group (transferase A, alpha 1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase; transferase B, alpha 1-3-galactosyltransferase) | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / GTB / Blood group / ABO(H) / glycosyltransferase / retaining | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Letts, J.A. / Rose, N.L. / Fang, Y.R. / Barry, C.H. / Borisova, S.N. / Seto, N.O. / Palcic, M.M. / Evans, S.V. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential Recognition of the Type I and II H Antigen Acceptors by the Human ABO(H) Blood Group A and B Glycosyltransferases. 著者: Letts, J.A. / Rose, N.L. / Fang, Y.R. / Barry, C.H. / Borisova, S.N. / Seto, N.O. / Palcic, M.M. / Evans, S.V. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1019.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zhjC ![]() 1zi1C ![]() 1zi3C ![]() 1zi4C ![]() 1zi5C ![]() 1zizC ![]() 1zj0C ![]() 1zj1C ![]() 1zj2C ![]() 1zj3C ![]() 1zjoC ![]() 1zjpC ![]() 2a8wC ![]() 1lz7S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34156.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-methyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Methyl Lactoside |
-非ポリマー , 5種, 185分子 ![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/HG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-UDP / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-HG / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-MN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→20 Å / Num. all: 35620 / Num. obs: 35513 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.75 Å / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LZ7 解像度: 1.69→20 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→20 Å
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拘束条件 |
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