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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a8q | ||||||
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タイトル | 2.6 Angstrom Crystal Structure of the Complex Between the Nuclear SnoRNA Decapping Nudix Hydrolase X29 and Manganese in the Presence of 7-methyl-GDP | ||||||
![]() | U8 snoRNA-binding protein X29 | ||||||
![]() | TRANSLATION / HYDROLASE / modified nudix hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / negative regulation of rRNA processing ...inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / negative regulation of rRNA processing / NAD-cap decapping / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / metalloexopeptidase activity / snoRNA binding / cobalt ion binding / mRNA catabolic process / manganese ion binding / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scarsdale, J.N. / Peculis, B.A. / Wright, H.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of U8 snoRNA decapping nudix hydrolase, X29, and its metal and cap complexes 著者: Scarsdale, J.N. / Peculis, B.A. / Wright, H.T. #1: ![]() タイトル: Crystals of X29, a Xenopus Laevis U8 SnoRNA Binding Protein with Nuclear Decapping Activity 著者: Peculis, B.A. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. #2: ![]() タイトル: Xenopus U8 SnoRNA Binding Protein is a Conserved Nuclear Decapping Enzyme 著者: Ghosh, T. / Peterson, B. / Tomasevic, N. / Peculis, B.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24447.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET19b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q569R2, UniProt: Q6TEC1*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-POP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.68 詳細: 4-5 mg/ml X29, 0.025M HEPES pH 7.68, 3/75% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月23日 / 詳細: Osmic confocal optics |
放射 | モノクロメーター: Osmic Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→29.85 Å / Num. all: 14734 / Num. obs: 14707 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 73.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured obs: 1071 / Num. unique all: 1071 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1U20 解像度: 2.6→27.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 22.428 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: TLS followed by restrained refinement of individual isotropic B factors 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.985 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Initial refinement with sumulated annealing using torsion angle dynamics in CNS v1.0 followed by refinement in Refmac5
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.844 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.464 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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